结论前置：基层政府中的劳务派遣合同工与非劳务派遣合同工在工资待遇上确实存在区别，这些区别主要体现在工资发放主体、工资确定机制、工资福利待遇以及工资调整机制上。以下是对这些区别的详细分析：
工资发放主体
- 劳务派遣合同工：工资由劳务派遣单位发放。劳务派遣单位作为用人单位，承担向被派遣劳动者支付劳动报酬的义务。例如，若某基层政府通过劳务派遣公司雇佣了一批工作人员，这些工作人员的工资将由劳务派遣公司负责核算并发放。
- 非劳务派遣合同工（直接用工）：工资由实际用工的基层政府直接发放。这些工作人员与基层政府签订劳动合同，工资直接由基层政府根据自身的薪酬核算和发放流程支付。
工资确定机制
- 劳务派遣合同工：工资通常由劳务派遣单位与用工单位（即基层政府）通过劳务派遣协议协商确定，并参照用工单位相同或相近岗位劳动者的工资标准。然而，由于市场因素和劳务派遣的灵活性，被派遣劳动者的工资可能难以完全达到用工单位同岗位正式员工的薪资水平。
- 非劳务派遣合同工：工资由基层政府根据自身薪酬体系，结合劳动者的岗位、绩效、能力等多方面因素自主确定。基层政府会综合考虑企业经营状况、行业水平等制定薪资确定机制，员工工资与企业内部岗位价值和个人表现紧密挂钩。
工资福利待遇
- 劳务派遣合同工：虽然法律规定被派遣劳动者享有同工同酬的权利，但在实际操作中，劳务派遣员工在福利待遇方面往往与用工单位的正式员工存在差异。他们可能无法享受完整的福利待遇，如补充商业保险、企业年金、定期体检、节日福利等。此外，社保缴纳基数、公积金比例等也可能较低。
- 非劳务派遣合同工：作为基层政府的正式员工，他们能完整享受企业提供的各项福利待遇，包括法定福利（如五险一金）和各种补充福利（如带薪年假、病假、育儿假等假期福利，以及培训机会、职业发展规划支持等非物质福利）。
工资调整机制
- 劳务派遣合同工：工资调整相对复杂，涉及劳务派遣单位和用工单位的协商。由于劳务派遣员工的临时性特点，工资调整的频率和幅度可能有限。当基层政府决定普调工资时，劳务派遣员工的工资调整需经过多轮沟通协调，且调整幅度可能小于正式员工。
- 非劳务派遣合同工：基层政府会根据经营状况、市场薪酬水平变化、员工个人绩效表现等因素，定期或不定期对员工工资进行调整。调整机制灵活且与员工个人工作表现和企业发展紧密相关。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者享有与用工单位的劳动者同工同酬的权利。然而，在实际操作中，由于劳务派遣的灵活性和市场因素，被派遣劳动者的工资待遇可能难以完全达到同工同酬的标准。
- 对于劳务派遣合同工而言，如果发现自己的工资待遇与用工单位的正式员工存在明显差异，且这种差异无法得到合理解释和纠正，可以向劳务派遣单位或用工单位提出申诉，要求享受同工同酬的权利。如果申诉无果，还可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于非劳务派遣合同工而言，他们享有更全面的法律保护，包括最低工资标准、加班费计算、社保缴纳等方面的规定。如果他们的权益受到侵害，可以直接向基层政府提出申诉或寻求法律援助来维护自己的权益。
可能后果：
- 如果劳务派遣单位或用工单位违反相关法律法规，降低劳务派遣员工的工资待遇或拒绝提供应有的福利待遇，可能面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。
- 对于非劳务派遣合同工而言，如果他们的权益受到侵害且未得到及时有效的维护，可能会影响他们的工作积极性和稳定性，甚至可能导致劳动纠纷和诉讼的发生。
综上所述，基层政府中的劳务派遣合同工与非劳务派遣合同工在工资待遇上存在显著差异。劳动者在选择就业方式时，应充分了解并权衡各种因素，特别是工资发放主体、确定机制、福利待遇、调整机制以及法律保障程度等方面，以做出最适合自己的选择。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。