针对药店麻黄碱销售数量与登记数量不符合的情况，处罚措施主要依据相关法律法规对药品经营管理的规定进行，具体分析如下：

1. 行政处罚层面：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，药品经营企业必须严格遵守药品购销记录制度，确保药品的购销记录真实、完整。若药店在销售麻黄碱时，销售数量与登记数量不符合，这明显违反了药品购销记录制度，属于违法行为。
   • 对于此类违法行为，药品监督管理部门有权依据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，对药店进行警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿，甚至吊销药品经营许可证等行政处罚。具体处罚力度会根据违法情节的严重程度、造成的后果以及药店的整改情况等因素综合考量。

2. 刑事责任层面：

   • 如果药店销售麻黄碱的数量与登记数量严重不符，且涉及非法买卖、运输、携带、持有毒品原植物种子、幼苗等违法行为，那么药店及其相关责任人员还可能面临刑事责任的追究。
   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法买卖、运输、携带、持有毒品原植物种子、幼苗数量较大的，或者有其他严重情节的，会构成非法买卖、运输、携带、持有毒品原植物种子、幼苗罪，依法应处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。

3. 实际操作建议：

   • 药店应严格遵守国家关于药品经营管理的法律法规，建立健全的药品购销记录制度，确保药品的购销记录真实、完整、可追溯。
   • 药店应定期对药品的购销记录进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题，防止因记录不符而引发的法律风险。
   • 如果药店发现销售数量与登记数量不符合的情况，应立即向药品监督管理部门报告，并积极配合调查处理，以减轻或避免可能的法律责任。

总结来说，药店麻黄碱销售数量与登记数量不符合，不仅可能面临行政处罚，如警告、罚款、没收违法所得、责令停业整顿或吊销药品经营许可证等，还可能因涉及非法买卖、运输、携带、持有毒品原植物种子、幼苗等违法行为而承担刑事责任。因此，药店应严格遵守相关法律法规，确保药品购销记录的真实性和完整性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。