出租车驾驶员违规收费，交通运输主管部门应处罚驾驶员。具体分析如下：
一. 违规收费的责任主体是驾驶员
- 直接行为人：出租车驾驶员作为直接提供服务并收取费用的人员，其违规收费行为直接违反了相关法规，如《出租汽车经营服务管理规定》等。因此，驾驶员是违规行为的直接责任主体。
- 独立承担责任：驾驶员作为成年人，具有完全民事行为能力，应当对自己的行为负责。在违规收费的情况下，驾驶员应独立承担由此产生的法律责任。
二. 交通运输主管部门的处罚对象
- 针对驾驶员的处罚：根据《出租汽车经营服务管理规定》等相关法规，交通运输主管部门在发现出租车驾驶员存在违规收费行为时，有权对驾驶员进行处罚，如罚款、暂扣或吊销从业资格证等。
- 公司的连带责任：虽然出租车公司通常不对驾驶员的个别违规行为直接承担责任，但如果公司存在管理不善、监管不力等问题，导致驾驶员频繁出现违规收费等违法行为，交通运输主管部门也可能对公司进行相应的处罚或约谈，要求其加强内部管理。但这种情况下，对公司的处罚是基于其管理责任，而非直接针对驾驶员的违规行为。
三. 实际案例
- 例如，在某地，一名出租车驾驶员因违规收费被乘客举报。交通运输主管部门调查后，确认驾驶员存在违规行为，并依法对其进行了罚款和暂扣从业资格证的处罚。这一案例中，处罚的对象是驾驶员本人，而非出租车公司。
综上所述，出租车驾驶员违规收费时，交通运输主管部门应主要处罚驾驶员本人。当然，如果出租车公司存在管理问题，也可能被要求加强内部管理或受到其他形式的处罚。我建议在遇到类似问题时，乘客应积极向交通运输主管部门举报，以维护自己的合法权益和出租车市场的良好秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。