办理串通投标案件，通常涉及一系列法律程序和证据收集工作，以下是一个清晰、详细且具有深度的解答，帮助您了解如何处理此类案件：
一、案件受理与立案
- 线索来源：案件线索可能来源于监督检查、举报、投诉、其他部门移送或上级部门交办等途径。
- 立案决定：相关部门在收到线索后，会进行初步审查，决定是否立案。立案需满足一定的条件，如存在违法行为、有明确的违法嫌疑人等。
二、调查取证
- 调查人员：调查或检查时，执法人员不得少于2人，并需向当事人或有关人员出示证件。
- 调查内容：包括询问当事人或有关人员、检查相关文件和记录、收集证据等。调查过程中，执法人员应制作笔录，并确保笔录的准确性和完整性。
- 回避制度：若执法人员与当事人有直接利害关系，应当回避，以确保调查的公正性。
三、证据审查与定性
- 证据审查：对收集到的证据进行审查，包括证据的真实性、合法性和关联性。
- 行为定性：根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，以及刑法中关于串通投标罪的规定，对串通投标行为进行精准定性。这包括判断是否存在投标人相互串通投标报价、损害招标人或其他投标人利益，或投标人与招标人串通投标、损害国家、集体、公民合法利益的行为。
四、法律适用与处罚
- 法律适用：根据行为定性，选择适用的法律条款。对于串通投标行为，可能涉及行政处罚或刑事处罚。
- 处罚种类：行政处罚可能包括罚款、没收违法所得、吊销营业执照等；刑事处罚则可能涉及有期徒刑、拘役、罚金等。
- 处罚决定：在作出处罚决定前，应告知当事人作出处罚决定的事由、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。处罚决定应制作盖有行政机关印章的行政处罚决定书，并载明违法事实、证据、处罚种类和依据、权利救济途径等内容。
五、送达与执行
- 送达责任：将行政处罚决定书送达当事人，确保当事人知悉处罚内容。
- 执行责任：督促当事人履行生效的行政处罚决定。对逾期不履行的，可依照《行政强制法》的规定执行，如申请法院强制执行等。
六、特殊案例分析
以您提供的案例为例，涉及国有公司董事长、下属、私营企业法定代表人及招标代理公司项目负责人之间的串通投标行为。在此类案件中，需特别注意：
- 犯罪主体认定：不仅限于直接的投标人和招标人，还包括参与招标投标程序、实施串通投标行为的其他人员，如招标代理机构工作人员。
- 行为定性：需根据具体行为判断是否构成串通投标罪，如泄露标底、招标方案、招标文件及评审委员会人员信息等。
- 数罪并罚：若行为同时触犯多个罪名，如行贿罪、受贿罪与串通投标罪，应数罪并罚。
七、建议与预防
- 加强监管：相关部门应加强对招标投标活动的监管，建立健全的监督机制，防止串通投标行为的发生。
- 提高法律意识：加强宣传教育，提高投标人和招标人的法律意识，使其了解串通投标的法律后果。
- 完善制度：完善招标投标制度，明确各方责任和义务，减少漏洞和灰色地带。
综上所述，办理串通投标案件需要遵循严格的法律程序和证据收集工作，确保案件的公正处理。同时，加强监管、提高法律意识和完善制度也是预防串通投标行为的重要措施。