在交通事故中，若伤者脑部和眼睛均受伤，申请伤残鉴定时，通常不需要分开鉴定，但具体是否分开鉴定需根据实际情况和鉴定机构的要求来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、伤残鉴定的基本原则
伤残鉴定是为了确定伤者因事故导致的身体损伤程度，以及这种损伤对伤者日常生活、工作能力等方面的影响。在鉴定过程中，鉴定机构会综合考虑伤者的整体情况，包括身体各部位的损伤情况，以及这些损伤对伤者整体功能的影响。
二、脑部和眼睛受伤的鉴定情况
综合鉴定：
- 在大多数情况下，如果伤者的脑部和眼睛均因交通事故受伤，且这些损伤之间存在相互关联或共同影响伤者的整体功能，那么鉴定机构会倾向于进行综合鉴定。即，将脑部和眼睛的损伤作为一个整体来评估伤者的伤残等级。
分开鉴定：
- 然而，也存在一些特殊情况，如脑部和眼睛的损伤程度差异较大，或者损伤部位相对独立，对伤者整体功能的影响可以明确区分。在这种情况下，鉴定机构可能会根据具体情况，考虑对脑部和眼睛的损伤分别进行鉴定。但这种情况相对较少，且需要鉴定机构具备相应的专业能力和经验。
三、鉴定机构的选择与沟通
选择鉴定机构：
- 伤者在申请伤残鉴定时，应选择具有相应资质和经验的鉴定机构。这些机构通常具备更全面的鉴定能力和更专业的鉴定人员，能够更准确地评估伤者的伤残等级。
与鉴定机构沟通：
- 在申请鉴定前，伤者或其家属应与鉴定机构进行充分沟通，说明伤者的具体情况和鉴定需求。这有助于鉴定机构更好地了解伤者的伤情，从而做出更准确的鉴定结论。
四、法律建议
及时申请鉴定：
- 伤者应在治疗终结后及时申请伤残鉴定，以便尽快确定伤残等级，为后续的赔偿和维权提供依据。
保留相关证据：
- 在申请鉴定前，伤者应保留好与事故相关的所有证据，如医疗记录、诊断证明、事故认定书等。这些证据将有助于鉴定机构更准确地评估伤者的伤残等级。
咨询专业律师：
- 如果伤者在申请鉴定过程中遇到任何问题或疑问，应及时咨询专业律师。作为专注于刑事辩护和交通事故领域的律师，我可以为伤者提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，交通事故中脑部和眼睛受伤后申请伤残鉴定时，通常不需要分开鉴定，但具体是否分开鉴定需根据实际情况和鉴定机构的要求来确定。伤者在申请鉴定前应与鉴定机构进行充分沟通，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。