针对员工自作主张这一行为，处理方式需要依据具体情况和公司的规章制度来综合考量。以下是一些详细的分析和建议，希望能为您提供清晰的解答：

一、明确规章制度

首先，公司需要确保有明确、合法且合理的规章制度，这些制度应当明确规定了员工的行为准则、违规行为的处理方式等。规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示，以确保员工对其内容有所了解。

二、判断违规行为的性质

1. 轻微违规：如果员工的自作主张行为并未对公司造成实质性损失或影响，且属于轻微违规，公司可以考虑采取警告、口头提醒等较为温和的处理方式，同时加强员工教育和培训，引导其遵守公司规章制度。

2. 严重违规：如果员工的自作主张行为严重违反了公司规章制度，且对公司造成了实质性损失或影响，如擅自离岗、泄露公司机密等，公司则需要根据规章制度采取更为严厉的处理措施，如辞退、罚款等。但在此之前，公司需要确保有充分的证据证明员工的违规行为，并遵循法律程序进行辞退或处罚。

三、具体案例分析

1. 案例一：员工不服从管理、不遵守工作纪律

   • 情况描述：员工苏某某不服从管理、不遵守工作纪律，经多次调岗后仍消极工作，不履行工作职责。
   • 处理方式：公司经过调查后，以苏某某不能胜任工作为由，依据《劳动合同法》第四十条的规定与其解除劳动合同，并支付了经济补偿金。这表明，在员工确实不能胜任工作的情况下，公司可以依法解除劳动合同，但需要支付相应的经济补偿。

2. 案例二：员工申请年休未获批，自行休假被开除

   • 情况描述：员工廖某申请年休假未获批，自行休假后被公司以“旷工5天，严重违反公司管理规定”为由开除。
   • 处理方式：仲裁委认为，年休假的统筹安排权属于用人单位，廖某在未经公司批准情况下强行休假，公司以其旷工为由解除劳动关系是合法的。这表明，员工在享受权利的同时，也需要遵守公司的规章制度和安排。

四、建议处理流程

1. 调查核实：公司应当首先调查核实员工的自作主张行为是否确实存在，以及违规行为的性质和程度。

2. 沟通协商：在确认违规行为后，公司可以与员工进行沟通协商，了解其违规的原因和动机，并尝试通过教育、警告等方式引导其改正。

3. 依据规章制度处理：如果员工拒绝改正或违规行为严重，公司应当依据规章制度采取相应的处理措施，如辞退、罚款等。但在此过程中，公司需要确保处理措施合法合规，并遵循法律程序。

4. 记录归档：公司应当将员工的违规行为和处理结果记录在案，以备后续参考和管理。

五、注意事项

1. 合法合规：公司在处理员工自作主张行为时，必须确保处理措施合法合规，避免侵犯员工的合法权益。

2. 公平公正：公司应当确保处理过程公平公正，避免因为个人偏见或情绪化因素而做出不公正的处理决定。

3. 加强沟通：公司应当加强与员工的沟通，及时了解员工的需求和想法，避免因为沟通不畅而导致员工自作主张等违规行为的发生。

综上所述，处理员工自作主张行为需要公司依据具体情况和规章制度来综合考量，确保处理措施合法合规、公平公正，并加强与员工的沟通和管理。