社会调查不合格的处理方式需根据具体场景和调查目的来确定，以下是不同情况下的处理建议：
如果是社区矫正前的社会调查不合格
根据《社区矫正法》及相关实施细则，社会调查是判断犯罪嫌疑人、被告人是否适用社区矫正的重要依据。若调查结论显示“不适合社区矫正”（如再犯罪风险高、无固定居所、缺乏监管条件等），司法机关可能直接决定不适用社区矫正，转而采取监禁刑（如判处有期徒刑并收监执行）。
关键点：社会调查不合格在此场景下具有“一票否决”效力，直接影响刑罚执行方式。若对调查结论有异议，可在收到决定书后依法申请复议或申诉，但需提供新证据（如固定居所证明、监管人承诺书等）推翻原结论。
如果是企业合规整改中的社会调查不合格
在企业涉嫌违法犯罪（如环境污染、税务违法）后，若检察机关启动合规整改程序，第三方机构会开展社会调查评估企业整改效果。若调查结论为“不合格”，检察机关可能终止合规程序，直接提起公诉或建议从重处罚。
关键点：企业需在调查期间主动配合整改（如完善制度、补缴税款、修复环境），若因客观原因（如技术难题）导致整改未达标，可申请延长整改期或调整整改方案；若因主观故意（如拖延、隐瞒）导致不合格，则需承担更严厉的法律后果。
如果是未成年人案件中的社会调查不合格
根据《刑事诉讼法》及未成年人司法保护规定，对涉嫌犯罪的未成年人需开展社会调查，评估其成长经历、监护条件、犯罪原因等，以决定是否适用附条件不起诉或非监禁刑。若调查结论为“不适合非监禁措施”（如监护缺失、多次违法），检察机关可能直接提起公诉。
关键点：未成年人及其监护人可对调查结论提出异议，申请补充调查或提供反证（如新的监护人承诺、学校证明等）；若调查程序违法（如调查人员未回避、未保密），也可依法申请排除非法证据。
如果是行政许可或资质审核中的社会调查不合格
部分行政许可（如危险化学品经营许可、医疗机构设置许可）需通过社会调查评估申请人是否符合条件（如周边居民意见、安全距离等）。若调查结论为“不合格”，行政机关可能不予许可或撤销已发许可。
关键点：申请人可要求行政机关出具书面调查报告，核对调查内容是否真实、程序是否合法；若发现调查人员存在偏见或违规操作（如未实地走访、篡改数据），可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
总结建议：社会调查不合格的处理需结合具体场景，核心原则是“程序合法+证据充分”。若对调查结论有异议，务必在法定期限内通过合法途径（如复议、申诉、诉讼）主张权利，避免因拖延丧失救济机会。若有具体案件或场景需要进一步分析，可直接向我咨询。