个别村民在特定情况下可以起诉村委会与政府签订的补偿协议。具体能否起诉，需根据补偿协议的签订背景、内容合法性以及是否侵犯村民合法权益等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、不能直接起诉的情况
当村委会与政府签订的补偿协议是在政府主导的土地征收背景下，作为政府征收补偿安置工作的一部分，且由村委会协助政府制定并执行时，该协议本质上属于行政征收补偿行为。在此情况下，若个别村民对补偿协议不服，一般不能直接起诉村委会或政府（作为共同被告，除非有特别约定或法律另有规定）。村民或相关利益人应当通过行政复议、行政诉讼等行政救济途径，针对作出征收决定的政府部门来寻求解决。例如，对征收补偿标准有异议，可以申请行政复议或提起行政诉讼，要求政府对征收补偿决定进行审查和调整。
二、可以起诉的情况
协议内容违法或显失公平：如果补偿协议的内容违反了相关法律法规（如补偿标准过低、未充分考虑村民实际损失等），或者协议签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致协议显失公平，受影响的村民有权提起诉讼。此时，村民可以通过协商、调解等方式先行尝试解决争议；若协商无果，可向人民法院提起行政诉讼（如果协议被视为行政行为的一部分）或民事诉讼（如果协议被视为民事合同），请求法院对补偿协议的合法性或公平性进行审查，并请求撤销或变更协议。
村委会超越职权或滥用职权：若村委会在签订补偿协议时超越了其法定职权，或者滥用职权，导致协议侵犯了村民的合法权益，村民同样有权提起诉讼。在此情况下，村民需要提供充分证据来证明村委会的行为违法或滥用职权，并请求法院确认协议无效或撤销协议。
协议侵犯村民个人合法权益：如果补偿协议虽然是在政府主导下签订，但具体条款却不合理地剥夺了部分村民的分配资格或侵害了村民的其他合法权益（如未给予应有的补偿、安置等），村民也有权以民事诉讼的方式起诉村委会或政府（视具体情况而定），要求确认协议中相关条款无效或请求赔偿损失。
三、法律建议与注意事项
了解协议背景与内容：村民在面临此类问题时，应首先了解补偿协议的签订背景和具体内容，判断其是否合法合规以及是否侵犯了自己的合法权益。
收集证据材料：若存在违法违规或侵权情况，村民应尽可能收集并保存相关证据材料（如协议文本、政府文件、现场照片、证人证言等），以确保诉讼的有效性和成功率。
选择合适的救济途径：根据具体情况选择合适的救济途径（行政复议、行政诉讼或民事诉讼），并遵循相应的法律程序和规定。
咨询专业律师：由于此类问题涉及复杂的法律关系和程序规定，建议村民在诉讼前咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询），以获取更具体的法律建议和指导。
综上所述，个别村民在特定情况下是可以起诉村委会与政府签订的补偿协议的。但具体能否起诉以及如何起诉，需根据协议的签订背景、内容合法性以及是否侵犯村民合法权益等因素综合判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。