医药批发公司企业负责人可以兼职部门经理，但需满足一定条件并受相关法律法规约束。以下从不同角度进行分析：

1. 法律法规层面：

   • 根据《公司法》及相关法律法规，并未明确禁止企业负责人（如董事长、总经理等）兼任部门经理。但需注意，若企业负责人同时担任董事、监事或高级管理人员，其兼职行为需符合公司章程及法律法规关于董事、监事、高级管理人员任职资格和兼职限制的规定。
   • 特别地，若医药批发公司属于国有企业或涉及特定行业监管（如药品经营质量管理规范GSP认证等），则可能需遵守更严格的兼职规定，以确保企业运营的合规性和独立性。

2. 公司治理层面：

   • 从公司治理的角度来看，企业负责人兼任部门经理可能带来管理效率的提升，但也可能引发利益冲突或管理混乱。因此，公司章程或内部管理制度可能对此类兼职行为进行限制或规范。
   • 若公司章程或内部管理制度明确禁止或限制企业负责人兼任部门经理，则企业负责人需遵守相关规定，否则可能面临内部纪律处分或法律责任。

3. 实际操作层面：

   • 在实际操作中，企业负责人是否兼职部门经理还需考虑企业规模、业务复杂度、管理需求等因素。对于小型医药批发公司而言，企业负责人兼职部门经理可能更为常见且可行；而对于大型或业务复杂的公司而言，则可能更倾向于专业化分工，避免一人多职带来的管理风险。
   • 此外，企业负责人兼职部门经理时，需确保能够充分履行各项职责，避免因兼职而影响企业整体运营和决策效率。