合同约定有机肥含量低于国家标准一般是不被允许的，但存在例外情况，以下分情况具体说明：

1. 原则上不允许低于国家标准

   • 从法律和行业规范的角度来看，有机肥作为农业生产资料，其质量标准直接关系到农产品的质量安全、土壤环境以及农业生产的可持续发展。国家制定有机肥标准是为了保障产品质量，维护市场秩序，保护消费者和农民的合法权益。如果合同中约定的有机肥含量低于国家标准，那么该产品可能无法达到基本的质量要求，属于不合格产品。根据《民法典》合同编的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同条款是无效的。因此，在一般情况下，合同中约定有机肥含量低于国家标准是不被允许的，这样的条款可能因违法而无效。

2. 例外情况

   • 尽管原则上不允许合同约定有机肥含量低于国家标准，但也存在一些例外情况。例如，如果双方当事人在合同中明确约定了特定的使用场景或条件，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，那么这样的约定可能是有效的。比如，在某些特定的实验性农业项目中，为了研究特定条件下有机肥的效果，双方可能约定使用低于国家标准的有机肥。但这种情况非常特殊，且需要严格的法律审查和监管。
   • 另外，如果国家标准本身存在更新或修订的情况，且合同是在新标准实施前签订的，那么在新标准实施后，合同中关于有机肥含量的约定可能需要根据新标准进行调整。如果双方无法就调整达成一致，那么可能需要通过法律途径解决争议。