医疗机构的违法所得不能直接算到非法行医的个人身上，二者在法律上是两个独立的主体，其违法所得的计算和归属需分别依据相关法律法规进行认定。以下从不同角度进行详细分析：
一、医疗机构违法所得的认定与处理
认定原则：
- 医疗机构的违法所得，通常是指其在违反医疗管理法律法规的情况下，通过非法医疗活动所获得的全部收入。
- 在计算时，应遵循全面性、客观性和合法性原则，即涵盖所有非法收入，基于实际交易，并遵循相关法律法规。
计算方法：
- 确定总收入：包括诊疗费、药品销售利润等所有非法收入。
- 扣除合理成本：如药品采购费用、医疗器械购置费用等直接用于医疗活动的支出。但需注意，这里的合理成本扣除需严格依据法律法规，并非所有成本均可扣除。
- 计算公式：医疗机构违法所得 = 总收入 - 合理成本（若法律法规允许扣除）。
法律后果：
- 根据《医疗机构管理条例》，医疗机构若存在违法所得，可能面临责令停止执业活动、没收非法所得和药品、器械，并可根据情节处以罚款的处罚。
二、非法行医个人违法所得的认定与处理
认定原则：
- 非法行医个人的违法所得，是指未取得医生执业资格的人非法行医所获得的全部收入。
- 在计算时，通常不扣除所谓的“成本”，因为非法行医本身就是违法行为，其“成本”不应得到法律保护。但也有观点认为，在特定情况下，如能证明某些支出直接用于医疗活动且合理，可考虑扣除。不过，这一做法需严格依据当地法律法规和司法实践。
计算方法：
- 直接计算法：对于能够明确查证每一笔非法医疗收入的案件，直接将各笔收入相加得出违法所得总额。
- 估算计算法：在无法直接查证每一笔非法医疗收入的情况下，根据非法行医者的经营情况、患者数量、收费标准等因素进行估算。
- 综合认定法：当直接计算和估算都无法准确得出违法所得时，综合考虑多种因素进行综合认定。
法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，非法行医情节严重的，可能面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑事处罚。若严重损害就诊人身体健康或造成就诊人死亡，处罚将更为严厉。
三、医疗机构违法所得与非法行医个人违法所得的关系
独立主体：
- 医疗机构和非法行医个人在法律上是两个独立的主体，其违法所得的计算和归属需分别进行。
不直接关联：
- 医疗机构的违法所得不能直接算到非法行医的个人身上。即使非法行医个人在医疗机构内行医，其违法所得也需单独计算，并依据相关法律法规进行处罚。
共同违法情况：
- 若医疗机构与非法行医个人存在共同违法情况，如医疗机构明知或应知非法行医行为而放任或支持，则可能构成共同违法或共同犯罪。在此情况下，需根据各自在违法活动中的作用和贡献大小，分别计算违法所得并承担相应的法律责任。但即便如此，医疗机构的违法所得与非法行医个人的违法所得仍需分别计算，不能直接合并。
总结与建议：
医疗机构的违法所得与非法行医个人的违法所得在法律上是两个独立的概念，需分别依据相关法律法规进行认定和处理。若您或您身边的人涉及此类问题，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便更准确地了解法律后果并采取相应的法律措施。