在债务纠纷中，当债务人自认债务但主张已清偿时，举证责任的分配主要遵循“谁主张，谁举证”的原则，即主张债务已经清偿的一方需要承担举证责任。以下是对此问题的详细分析：

一、基本举证责任原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对自己提出的主张有责任提供证据加以证明。这意味着，在债务纠纷中，如果债务人承认曾有债务但主张已经清偿，那么债务人就需要承担举证责任，以证明其已经履行了还款义务。

二、具体举证责任分配

1. 债务人的举证责任：

   • 债务人需要提供充分的证据来证明债务已经清偿。这些证据可以包括还款凭证（如银行转账记录、收据等）、双方达成的债务清偿协议，或者其他能够证明债务已经消灭的证据。
   • 如果债务人无法提供充分证据证明债务已经清偿，那么根据法律规定，债务人可能面临败诉的风险，即法院可能认定债务仍然存在，债务人需要继续履行还款义务。

2. 债权人的举证责任：

   • 在一般情况下，债权人只需证明债务关系的存在和未获清偿的事实。如果债权人否认债务已经清偿，并提供了初步证据证明债务仍然存在（如债务人未按时还款的记录、债权人未收到还款的声明等），那么债务人就需要进一步承担举证责任，以证明债务已经清偿。
   • 然而，如果债权人有证据表明债务人可能持有证明债务已清偿的证据但拒不提供，法院可能会依据相关法律规定，推定债权人的主张成立，即认定债务仍然存在。

三、特殊情况下的举证责任倒置

在某些特殊情况下，法律可能会规定举证责任倒置的原则。例如，如果债务人持有证据无正当理由拒不提供，而债权人主张该证据的内容不利于债务人，法院可以推定债权人的主张成立。但在债务纠纷中，这种举证责任倒置的情况相对较少见，且通常需要有明确的法律依据。

四、实践中的注意事项

1. 保留证据：无论是债务人还是债权人，在交易过程中都应妥善保留与债务相关的所有证据，以便在发生纠纷时能够提供有力的支持。这包括合同、转账记录、收据、通信记录等。
2. 及时沟通：在债务关系存续期间，双方应及时沟通还款情况，确保信息的准确性和一致性。这有助于避免误解和纠纷的发生。
3. 寻求专业帮助：如果遇到复杂的债务纠纷或无法自行解决争议，建议寻求律师或专业机构的帮助。作为专业律师，我可以提供全面的法律咨询和代理服务，以确保您的权益得到有效维护。

举例说明：假设甲向乙借款10万元，并出具了借条。后来，甲声称已经通过银行转账方式向乙归还了全部借款，但乙否认收到还款。在此情况下，甲需要承担举证责任，提供银行转账记录等证据证明已经还款。如果甲无法提供充分证据，而乙又提供了借条等证据证明债务仍然存在，那么法院可能会认定甲仍然需要履行还款义务。

综上所述，当债务人自认债务但主张已清偿时，举证责任的分配主要遵循“谁主张，谁举证”的原则。如果您在债务纠纷中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。