结论：信用卡逾期本金6万，协商本金分期还了2万六后二次逾期，本金是否还会算6万，这主要取决于您与银行签订的分期还款协议中的具体条款。但通常情况下，若未有特别约定，剩余未还本金会按照原逾期本金减去已还部分来计算，即不会仍算作6万，而是会相应减少。不过，二次逾期可能会带来一系列严重的法律后果，需特别注意。
分析说明：
本金计算：
- 当您与银行就信用卡逾期本金6万达成分期还款协议，并已经按照协议偿还了2万六后，若协议中没有特别约定“二次逾期则本金恢复至原数额”等条款，那么剩余未还的本金应当是原逾期本金6万减去已还的2万六，即3万4千元。
- 银行在处理此类情况时，通常会遵循公平、合理的原则，不会无故将已还部分重新计入逾期本金。但具体还需以您与银行签订的分期还款协议为准。
二次逾期的法律后果：
- 利息和违约金：二次逾期后，银行可能会按照协议约定或相关法律法规的规定，对逾期部分收取更高的利息和违约金。
- 信用记录受损：二次逾期会严重影响您的个人信用记录，可能导致您在未来申请贷款、信用卡等金融服务时遇到困难。
- 法律诉讼：若银行认为必要，可能会通过法律途径追讨剩余欠款，包括但不限于向法院提起诉讼、申请强制执行等。
特殊场景：
- 如果您与银行签订的分期还款协议中明确约定了“二次逾期则本金恢复至原数额”或类似条款，那么在这种情况下，二次逾期后本金确实可能会重新算作6万。但这种情况较为少见，且通常会在协议中以醒目的方式提示您注意。
行动建议：
- 仔细审查协议：首先，您需要仔细审查与银行签订的分期还款协议，了解其中关于本金计算、逾期处理等方面的具体条款。
- 与银行沟通：如果您对协议条款有疑问或认为存在不合理之处，建议及时与银行沟通，寻求解决方案。
- 尽快还款：无论何种情况，尽快偿还剩余欠款都是避免进一步法律风险和信用损失的最佳选择。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规的规定，当事人应当按照约定履行自己的义务。若一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 在信用卡纠纷中，银行与持卡人之间的权利义务关系通常受到《中华人民共和国商业银行法》、《信用卡业务管理办法》等法律法规的规范。
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