不动产上盖厂房是否合法，不能一概而论，需要结合不动产的性质、用途以及是否获得相关审批手续等多个因素进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、不动产性质与用途
农用地：
- 如果不动产属于农用地，特别是基本农田，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，禁止在基本农田保护区内进行非农业建设活动。因此，在农用地上盖厂房，若未经过合法审批程序，擅自将农用地转变为建设用地，属于违法行为。
- 相关部门有权责令限期改正或治理，并可处以罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
建设用地：
- 如果不动产属于建设用地，且符合土地利用总体规划和城乡规划的要求，那么在该土地上盖厂房可能是合法的。但即便如此，也需要依法办理相关的审批手续，如用地审批、规划许可、施工许可等。
二、审批手续与合规性
用地审批：
- 将农用地转为建设用地的，需要由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。同时，应依法取得建设用地使用权，通过出让、划拨等合法方式获取土地。
- 对于建设用地上的厂房建设，也需确保土地使用权的合法性和有效性。
规划许可：
- 建设厂房前，需向乡镇人民政府提出申请，并报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。未经许可擅自建设，属于违法建设行为。
施工许可：
- 对于达到一定规模和标准的厂房建设项目，还应依法办理施工许可证，以确保建设工程符合工程质量、安全等要求。
三、特殊情况下的合法性
- 在某些特殊情况下，如农用地上建设与农业生产直接相关的附属设施（如存放农机具、农产品临时存储等辅助农业生产的建筑），并在符合相关标准和经过合法审批程序的情况下，则是允许的。但大规模建设厂房用于工业生产经营等非农建设活动，必须依法办理农用地转用审批手续，将农用地转为建设用地后方可合法建设。
四、法律建议与风险提示
了解并遵守法律法规：
- 在考虑在不动产上盖厂房之前，应深入了解当地关于土地使用、规划和建设的相关法律法规，确保自己的行为符合法律要求。
确保合规性：
- 即使获得了审批或许可，也应确保建设活动符合所有相关规定和标准，包括建筑安全标准、环保要求等。避免因不符合规定而面临法律责任和处罚。
及时咨询与确认：
- 在采取任何行动之前，建议向我咨询具体的法律问题，以获取准确的法律规定和要求，并确保行为合法合规。
综上所述，不动产上盖厂房的合法性取决于不动产的性质、用途以及是否获得相关审批手续等多个因素。在决定建设之前，请务必进行充分的法律研究和咨询，以确保建设活动的合法性和合规性。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。