若法院已判决企业间无关联关系，但在实际执行中发现存在关联关系的，可采取以下措施：

1. 申请执行异议与复议

   • 法律依据：根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》等相关规定，若执行过程中发现被执行人与其他主体存在关联关系，且该关联关系可能影响执行结果的，执行申请人可向执行法院提出书面异议，要求法院对关联关系进行审查。
   • 操作流程：
     • 提交书面异议申请，详细说明发现的关联关系情况，包括但不限于股权结构、人员交叉、业务往来等证据材料。
     • 执行法院将依法组成合议庭进行审查，并作出裁定。
     • 若对裁定不服，可在收到裁定书之日起十日内向上一级人民法院申请复议。

2. 提起关联交易损害赔偿诉讼

   • 适用情形：若关联关系导致被执行人通过关联交易转移财产、逃避债务，损害了执行申请人的合法权益，执行申请人可依法提起关联交易损害赔偿诉讼。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司股东、董事、监事、高级管理人员等利用关联关系损害公司利益的，应当承担赔偿责任。
   • 操作流程：
     • 收集证据，证明关联交易的存在及损害后果。
     • 向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求关联方承担赔偿责任。
     • 法院将依法审理并作出判决，若判决支持执行申请人的诉求，则可通过执行程序实现权益。

3. 申请追加被执行人

   • 适用情形：若关联关系表明被执行人与其他主体存在人格混同、财产混同等情形，导致被执行人财产不足以清偿债务的，执行申请人可申请追加关联方为被执行人。
   • 法律依据：根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》等相关规定，执行过程中，申请执行人或其继承人、权利承受人可以向人民法院申请变更、追加当事人。申请符合法定条件的，人民法院应予支持。
   • 操作流程：
     • 提交书面申请，详细说明追加被执行人的理由及证据材料。
     • 执行法院将依法进行审查，并作出裁定。
     • 若裁定追加被执行人，则可对追加的被执行人采取执行措施。

4. 向监管部门举报

   • 适用情形：若关联关系涉及违法违规行为，如虚假出资、抽逃出资、违规担保等，执行申请人可向相关监管部门举报。
   • 操作流程：
     • 收集证据，证明关联关系的违法违规行为。
     • 向相关监管部门（如市场监管部门、证券监管部门等）提交举报材料。
     • 监管部门将依法进行调查处理，并可能对违法违规行为进行处罚。

建议与注意事项：

• 在采取上述措施前，应充分收集证据，确保事实清楚、证据确凿。
• 考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议咨询专业律师，以制定更为精准有效的策略。
• 在执行过程中，应密切关注被执行人的财产变动情况，及时采取措施防止财产转移或隐匿。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更为详尽的法律意见。