在遗嘱中将遗产留给已经过世的儿子是无效的，因为继承人必须是在遗嘱生效时仍然存活的人。以下是对此问题的详细分析：

一. 遗嘱继承人的资格

1. 继承人需存活：根据《民法典》第一千一百四十一条规定，遗嘱继承人、受遗赠人应当是在遗嘱生效时仍然存活的人。如果儿子在遗嘱生效前已经去世，那么他不能作为遗嘱的继承人。
2. 法律后果：如果遗嘱中指定的继承人已经去世，那么这部分遗产将按照法定继承的规则进行分配，而不是按照遗嘱中的指定。

二. 如何处理遗产

1. 修改遗嘱：如果父亲仍然希望遗产能够按照某种特定方式分配，他可以考虑修改遗嘱，指定其他仍然存活的亲属或朋友作为继承人。
2. 考虑其他法律工具：如果父亲希望将遗产留给儿子的子女（即孙子/孙女），他可以通过设立信托或其他法律工具来实现这一目的。

三. 实际案例理解

• 例如，如果一位父亲在遗嘱中指定将遗产留给已经去世的儿子，这份遗嘱在法律上是无效的。遗产将按照法定继承的顺序，由其他仍然存活的亲属继承。

我的观点：因此，如果父亲想要确保遗产能够按照自己的意愿进行分配，他应该重新考虑并修改遗嘱，指定一个仍然存活的继承人或者通过其他法律手段来实现遗产的分配。如有进一步需要，您可以继续咨询我。