无牌电动车发生交通事故时，保险公司是否赔偿确实是一个涉及多个法律因素的问题，下面我将为您详细分析。

首先，我们需要明确电动车的性质对赔偿的影响。电动车若被认定为非机动车，根据交强险的相关规定，即便电动车没有悬挂车牌，保险公司也应在责任限额范围内予以赔偿，这是为了保障受害人的合法权益。然而，如果电动车被认定为机动车，那么未悬挂号牌就属于违法行为。在这种情况下，交强险可能因这一违法行为而拒赔，不过司法实践中各地法院的判决可能存在差异，部分法院认为保险公司不能仅以此为由免除交强险的赔偿责任。至于商业险方面，保险合同中通常会约定对于违法行为导致的交通事故不承担赔偿责任，因此无牌电动车上路很可能导致商业险拒赔。但值得注意的是，如果合同中没有明确约定或者保险公司没有履行明确说明义务，那么保险公司可能仍需承担赔偿责任。

接下来，我们考虑事故责任方对赔偿的影响。如果机动车一方全责，那么无论电动车是否上牌，机动车的保险公司都必须在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。相反，如果电动车一方全责，机动车一方的保险公司通常只承担不超过百分之十的赔偿责任，这是基于《道路交通安全法》对机动车与非机动车、行人之间交通事故的特殊规定。

此外，保险合同条款也是判断保险公司是否赔偿的重要依据。如果合同中明确规定了无牌电动车出事故不予赔偿的条款，并且该条款合法有效，那么保险公司可能会据此拒绝赔偿。但如果合同中并未明确提及无牌电动车的情况，或者该条款存在歧义或争议，那么法院可能会根据《保险法》的相关规定进行解释和裁决，以保护投保人或受益人的合法权益。

在实际案例中，法院会综合考虑《道路交通安全法》、《保险法》等相关法律法规以及保险合同的具体条款来判决保险公司是否赔偿。因此，在处理此类事故时，我建议您及时咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。

总的来说，无牌电动车发生交通事故时，保险公司的赔偿责任并非一成不变，而是需要根据电动车的性质、事故责任方以及保险合同的具体条款进行综合判断。为了保障自己的权益，我建议您在购买保险时仔细阅读合同条款，了解保险责任和免责范围，并在发生事故后及时咨询专业律师以获取针对性的法律建议和指导。