结论前置：您描述的这种代开发票并转款的行为存在极大法律风险，不建议签署任何协议，而应立即拒绝该安排。以下从法律风险、协议效力、合规建议三个角度展开分析：

1. 代开发票行为的违法性

根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。您代开的运输发票若与实际业务不符（如无真实运输服务），属于虚开发票行为，可能面临：

• 行政处罚：税务机关可处1万元以上5万元以下罚款，情节严重的处5万元以上50万元以下罚款；
• 刑事责任：若虚开税款数额较大（如虚开税款1万元以上），可能构成《刑法》第二百零五条规定的虚开增值税专用发票罪，最高可处无期徒刑。

协议无法改变违法本质：即使您与公司签署协议，约定“代开发票责任由公司承担”，该协议因违反法律强制性规定而无效，您仍需承担法律责任。

2. 资金转款行为的法律风险

您收到款项后转给老板，若资金来源涉及公司公款或客户款项，可能涉及：

• 挪用资金罪：若您利用职务便利，将公司资金归个人使用或借贷给他人，数额较大且超过3个月未还，可能构成犯罪；
• 职务侵占罪：若您通过代开发票套取公司资金并占为己有，可能面临刑事追责。

协议无法隔离风险：即使协议约定“资金转款为代收代付”，若实际资金流向与协议不符（如被用于非法目的），您仍可能被认定为共犯。

3. 合规建议

• 立即拒绝：明确告知老板该行为违法，拒绝参与代开发票和资金转款；
• 保留证据：若已参与，保存与老板的沟通记录（如微信、邮件），证明您是被胁迫或不知情；
• 主动举报：若老板坚持违法，可向税务机关或公安机关举报，避免自身牵连。

总结：代开发票和资金转款行为本质是违法操作，签署协议无法规避法律责任，反而可能成为您参与违法的证据。建议您坚守法律底线，避免因短期利益承担长期法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。