先预付40%预付款的商品房被抵押登记给债权人，一般不可以直接通过行政诉讼要求确认无效。以下是具体的分析：
法律背景
- 抵押权的设立：根据《民法典》的相关规定，抵押权可以依法设立，并且一旦设立，抵押权人就对抵押财产享有优先受偿的权利。
- 行政诉讼的受理范围：行政诉讼主要是用来解决行政机关与公民、法人或其他组织之间的法律争议。对于民事主体之间的纠纷，如合同纠纷、债务纠纷等，一般不属于行政诉讼的受理范围。
分析角度
合同关系与抵押关系：
- 你与开发商之间存在商品房买卖合同关系，你支付了40%的预付款。
- 开发商与债权人之间存在抵押合同关系，开发商将商品房抵押给债权人。
- 这两个关系是相互独立的，你支付预付款的事实并不直接影响抵押权的设立和效力。
抵押权的效力：
- 抵押权一旦依法设立，就具有对抗第三人的效力。
- 除非存在法律规定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），否则抵押权不会被轻易认定为无效。
行政诉讼的适用性：
- 行政诉讼主要针对的是行政机关的行政行为，而不是民事主体之间的纠纷。
- 你与开发商之间的纠纷属于民事纠纷，应该通过民事诉讼或仲裁等方式解决。
法律建议
- 审查合同：首先，你应该仔细审查与开发商签订的商品房买卖合同，看是否有关于抵押权的特别约定。
- 与开发商协商：尝试与开发商协商，了解其将商品房抵押给债权人的具体情况，并探讨可能的解决方案。
- 寻求法律救济：如果协商无果，你可以考虑通过民事诉讼或仲裁等方式来维护自己的合法权益。例如，你可以请求法院确认开发商的抵押行为无效，或者要求开发商承担违约责任等。
综上所述，先预付40%预付款的商品房被抵押登记给债权人，一般不可以直接通过行政诉讼要求确认无效。你应该通过审查合同、与开发商协商以及寻求法律救济等方式来解决问题。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。