农村房屋航拍本身并不直接涉及合法性问题，关键在于航拍的目的和后续的使用方式。

首先，航拍作为一种技术手段，广泛应用于城市规划、土地资源管理、环境监测等多个领域。在农村地区，航拍也可能被用于记录房屋现状、监测土地利用情况等。这种技术手段本身并不涉及法律层面的合法或非法问题。

然而，如果航拍被用于认定房屋是否合法，则需要遵循严格的法律程序。根据相关法律法规，对于无证房屋或未办理审批手续的房屋，相关部门不能仅凭航拍图就认定为违法建筑。航拍图虽然可以作为一份依据，但并非唯一依据。对于违法建筑的认定，需要严格按照立案调查、实地调查取证、拍照录像取证、调查后处理、提供文件通知、听证陈述申辩等步骤进行。

因此，农村房屋航拍是否合法，取决于航拍的目的和后续的使用方式。如果航拍仅作为记录或监测手段，且未侵犯个人隐私或合法权益，那么通常是合法的。但如果航拍被用于非法认定房屋合法性或侵犯了个人权益，那么则可能涉及法律问题。

总之，在使用航拍技术时，应遵守相关法律法规，确保合法合规地使用。如果农村房屋航拍涉及到了你的合法权益，你可以向相关部门咨询或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。