针对您提出的“农村土地承包经营权案件由哪里处理”的问题，我将为您详细解答。

首先，我们需要明确农村土地承包经营权案件的处理涉及两个主要阶段：登记确权阶段和权属争议阶段。

一、登记确权阶段

在这个阶段，主要处理的是“登记错误”和“未实际取得土地承包经营权”这两种情况。

1. 登记错误：

   • 如果您发现土地承包经营权证上的登记信息与实际不符，可以向乡（镇）政府的农村经营管理部门提出更正申请。
   • 相关部门会进行核实，并在确认错误后进行更正。

2. 未实际取得土地承包经营权：

   • 如果您已经登记但尚未实际取得土地承包经营权，不能直接向法院提起诉讼。
   • 您需要先向相关的行政主管部门（如县级以上地方人民政府农业农村、林业和草原等主管部门）申请解决。
   • 行政主管部门会进行调查，并尝试协调解决您的问题。

二、权属争议阶段

在这个阶段，主要处理的是“一地二包”和“权属纠纷”这两种情况。

1. “一地二包”：

   • 指的是同一块地被承包给了两家或多家。
   • 这种情况下，需要查看各承包合同的效力，谁的合同有效就听谁的。
   • 当事人可以通过协商、调解、仲裁或民事诉讼等途径解决争议。

2. “权属纠纷”：

   • 指的是前后两个土地承包合同的效力、当事人之间的权属纠纷问题。
   • 当事人可以要求发包人（村集体经济组织）协调解决。
   • 如果协调不成，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起民事诉讼。
   • 法院会根据合同的效力确定权属的归属。

总结：

• 登记确权阶段的问题主要由行政主管部门处理。
• 权属争议阶段的问题则可以通过协商、调解、仲裁或民事诉讼等途径解决。
• 在处理农村土地承包经营权案件时，应首先明确争议的性质和阶段，然后选择合适的处理途径。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。