若工程占用林地且涉及保护植物，可能面临刑事责任、行政处罚及民事赔偿等多重法律后果。以下从不同角度为您详细分析：
一、刑事责任
非法占用农用地罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 若工程占用林地且未经批准，擅自改变林地用途，并造成林地大量毁坏，可能触犯此罪。
危害国家重点保护植物罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十四条，违反国家规定，非法采伐、毁坏珍贵树木或者国家重点保护的其他植物的，或者非法收购、运输、加工、出售珍贵树木或者国家重点保护的其他植物及其制品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
- 若工程占用林地中涉及采伐、毁坏国家重点保护植物，可能触犯此罪。
二、行政处罚
林业行政处罚：
- 根据《中华人民共和国森林法》及相关规定，未经批准擅自占用林地或者改变林地用途的，由县级以上人民政府林业主管部门责令限期恢复植被和林业生产条件，可以处恢复植被和林业生产条件所需费用三倍以下的罚款。
- 若工程占用林地未办理相关手续，可能面临林业行政处罚。
环境保护行政处罚：
- 若工程占用林地且涉及破坏生态环境，可能违反《中华人民共和国环境保护法》及相关规定，面临环境保护行政处罚，如罚款、责令停产整治等。
三、民事赔偿
生态环境损害赔偿：
- 若工程占用林地且造成生态环境损害，根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，侵权人应当承担生态环境损害赔偿责任，包括修复生态环境费用、生态环境服务功能损失等。
林地所有者或使用者损失赔偿：
- 若工程占用林地导致林地所有者或使用者遭受经济损失，如林木损失、土地使用收益损失等，侵权人应当承担相应的民事赔偿责任。
四、法律建议
立即停止违法行为：
- 若工程占用林地且涉及保护植物，应立即停止违法行为，避免进一步扩大损失和法律责任。
积极配合调查：
- 若相关部门已介入调查，应积极配合调查工作，如实说明情况，提供相关证据材料。
寻求法律帮助：
- 鉴于此类案件的复杂性和严重性，建议尽快寻求专业律师的法律帮助，以便更好地维护自身合法权益。
办理相关手续：
- 若工程确需占用林地，应依法办理相关手续，如林地占用审批、环境影响评价等，确保工程合法合规进行。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律意见。