增资合作协议中股东出资义务的诉讼时效不受限制，但协议其他纠纷适用三年普通诉讼时效。以下从不同角度进行详细分析：
一、股东出资义务不受诉讼时效限制
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》第十九条：“公司股东未履行或者未全面履行出资义务或者抽逃出资，公司或者其他股东请求其向公司全面履行出资义务或者返还出资，被告股东以诉讼时效为由进行抗辩的，人民法院不予支持”。这一规定明确了股东出资义务不受诉讼时效限制的原则。
法律背景：股东出资是公司最基本、也是最重要的财产来源，构成了公司独立对外承担责任的财产基础。如果允许股东以诉讼时效为由抗辩出资义务，将损害公司的偿债能力，进而损害债权人的合法权益，同时也会损害其他股东的利益。因此，基于现代公司的独立人格和资本充实原则，法律对股东出资义务的诉讼时效进行了特别规定。
案例支撑：在某管理公司与李某公司增资纠纷案中，法院经审理认为，李某未全部履行出资义务，某管理公司有权要求李某缴足增资款。李某以诉讼时效抗辩履行出资义务，于法无据，法院不予支持。最终判决李某向某管理公司支付增资款100万元。这一案例充分体现了股东出资义务不受诉讼时效限制的原则。
二、增资合作协议其他纠纷适用三年普通诉讼时效
虽然股东出资义务不受诉讼时效限制，但增资合作协议中的其他纠纷，如违约责任、损害赔偿等，则适用《中华人民共和国民法典》规定的三年普通诉讼时效。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长”。
应用场景：在增资合作协议中，如果一方未按照协议约定履行义务，如未按时支付增资款、未履行协助义务等，另一方有权在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼，要求对方承担违约责任或赔偿损失。
三、法律建议
股东应充分履行出资义务：股东应严格按照增资合作协议的约定履行出资义务，确保公司资本的充实和稳定。同时，股东应保存好出资证明、验资报告、银行流水等出资证据，以备不时之需。
公司应完善内控制度：公司应高度重视内控制度的构建和完善，对于未履行或未全面履行出资义务的股东，及时催缴并保留相关证据。同时，公司应加强对股东出资情况的监督和管理，确保公司资本的充足和稳定。
及时行使权利：对于增资合作协议中的其他纠纷，权利人应及时行使权利，在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼或申请仲裁，以免超过诉讼时效而丧失胜诉权。
寻求专业法律帮助：在处理增资合作协议纠纷时，建议当事人寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。