客运车辆两次出省若存在超员、未按规定线路行驶等违规行为，处罚需根据具体违规情形及地方性法规确定，可能面临罚款、扣分、暂扣或吊销营运证等处罚。以下分情况详细说明：

1. 若客运车辆出省过程中存在超员行为：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。同时，根据超员比例，驾驶员还可能面临扣分处罚，如超员未达20%的，扣3分；超员20%以上的，扣6分。若两次出省均存在超员行为，且超员比例较高，可能面临更严厉的处罚，包括暂扣或吊销营运证。

2. 若客运车辆出省未按照规定的线路、站点行驶：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十八条，客运经营者不按规定的线路、站点行驶的，由县级以上道路运输管理机构责令改正，处1000元以上3000元以下的罚款；情节严重的，由原许可机关吊销道路运输经营许可证。若两次出省均存在此类违规行为，且情节严重，可能面临吊销营运证的处罚。

3. 若客运车辆出省过程中存在其他违规行为：

   • 如未携带有效证件、未按规定进行安全检查等，也可能面临相应的处罚。具体处罚措施需根据违规行为的性质和严重程度，以及地方性法规的规定来确定。

建议：客运车辆在出省行驶过程中，应严格遵守交通法规和道路运输管理规定，确保行车安全和服务质量。若因违规行为面临处罚，应积极配合相关部门的调查和处理，及时纠正违规行为，避免类似情况再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。