结论：合同专用章不能盖在营业执照上，且该行为不具备法律效力，还可能引发法律风险。以下从法律效力、法律风险、合规建议三个角度进行详细分析：

1. 法律效力角度

营业执照是企业合法经营的凭证，其签发、变更、注销等行为需严格遵循《公司法》《市场主体登记管理条例》等法律法规。合同专用章是企业用于签订合同的专用印章，其使用范围仅限于合同文件，不具备对营业执照进行盖章的法定权限。
根据《民法典》第490条，合同成立需双方意思表示一致，且符合法定形式要求。若在营业执照上加盖合同专用章，既无法改变营业执照的法律属性，也不会产生任何合同效力，更不会导致企业权利义务的变更。

2. 法律风险角度

• 行政处罚风险：根据《市场主体登记管理条例》第46条，伪造、涂改、出租、出借、转让营业执照的，由登记机关没收违法所得，处10万元以下的罚款；情节严重的，吊销营业执照。若在营业执照上加盖合同专用章被认定为“涂改”或“伪造”行为，企业可能面临行政处罚。
  
• 民事纠纷风险：若第三方因营业执照上的合同专用章误认为企业授权其从事某项行为（如签订合同、办理业务），可能引发表见代理纠纷，企业需承担不必要的民事责任。
  
• 刑事风险：若该行为被用于诈骗、伪造国家机关证件等犯罪活动，相关责任人可能涉嫌《刑法》第280条的“伪造国家机关证件罪”，面临刑事追责。

3. 合规建议角度

• 严格区分印章用途：企业应建立印章管理制度，明确合同专用章、公章、财务专用章等印章的使用范围，禁止混用或滥用。
  
• 妥善保管营业执照：营业执照应由专人保管，避免遗失、损毁或被非法使用。若需展示或复印，应加盖“复印件与原件一致”章，并注明用途。
  
• 及时办理变更登记：若企业信息（如名称、地址、法定代表人）发生变更，应依法向登记机关申请变更登记，换发新营业执照，而非通过盖章方式修改。

总结：合同专用章与营业执照的法律功能完全不同，二者不得混用。企业应严格遵守印章管理和营业执照使用规定，避免因操作不当引发法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询。