发包方变造备案假合同属于违法行为，应当通过法律途径追究其责任，具体处理方式如下：

1. 固定证据
   首先需证明合同存在变造事实。可通过以下方式取证：

   • 申请司法鉴定，对合同文本的纸张、油墨、签字时间等进行技术鉴定，确认是否存在篡改痕迹；
     
   • 收集原始合同签订时的沟通记录（如邮件、微信）、付款凭证、履行记录等，证明实际履行的合同内容与备案合同不符；
     
   • 调取备案机关的存档记录，对比原件与复印件的差异。

2. 追究民事责任
   若变造合同导致损失，可依据《民法典》第148条（欺诈）或第154条（恶意串通）主张合同无效，并要求发包方赔偿实际损失，包括直接损失（如额外支出）和可得利益损失（如预期利润）。
   操作建议：向法院提起民事诉讼，同时申请财产保全，防止发包方转移资产。

3. 追究行政责任
   根据《刑法》第280条之二（伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪）或第224条（合同诈骗罪），若变造行为涉及伪造印章、虚构事实骗取财物，可向公安机关报案，要求立案侦查。
   注意：行政处罚需以行政机关认定为准，需配合提交证据材料。

4. 追究刑事责任
   若变造合同金额较大或造成严重后果（如国家利益受损），可能构成犯罪。例如：

   • 伪造国家机关公文、证件罪（若备案合同涉及政府项目）；
     
   • 损害商业信誉、商品声誉罪（若变造行为公开且造成对方商誉损失）。
     操作建议：携带证据向公安机关经侦部门报案，或通过刑事自诉途径维权。

5. 向备案机关投诉
   若合同备案于建设、市场监管等部门，可向备案机关举报变造行为，要求撤销虚假备案并公示处理结果。此举可削弱发包方后续使用假合同的合法性。

风险提示：处理过程中需注意证据合法性，避免因取证手段不当导致证据无效。建议同步委托律师介入，制定诉讼与非诉结合的维权策略。如有进一步细节需分析，可直接向我提问。