结论：被执行人已经偿还了900万款项后，法院是否还能判决其构成拒不执行判决、裁定罪（拒执罪），需结合具体情况判断，并非绝对不能判决。以下从不同角度进行分析：
一、拒执罪的构成要件
拒执罪是指对人民法院的判决、裁定有能力执行而拒不执行，情节严重的行为。其构成要件主要包括：
- 存在有效判决、裁定：即人民法院作出的具有执行内容的生效法律文书。
- 有能力执行而拒不执行：被执行人具备履行判决、裁定的能力，但故意不履行。
- 情节严重：如隐藏、转移、故意毁损财产或者无偿转让财产、以明显不合理的低价转让财产，致使判决、裁定无法执行等情形。
二、已还款900万是否影响拒执罪的认定
全额履行情况：
- 如果被执行人偿还的900万已经全额履行了生效判决、裁定所确定的全部义务，那么其不再具备“有能力执行而拒不执行”的前提条件，因此不构成拒执罪。
部分履行情况：
- 如果被执行人偿还的900万只是部分履行了生效判决、裁定所确定的义务，且剩余部分其有能力执行但拒不执行，同时存在情节严重的情形（如隐藏、转移财产等），那么其仍然可能构成拒执罪。
- 例如，判决要求被执行人支付1000万，其已支付900万，但剩余100万有能力支付却拒不支付，并存在转移财产等行为，那么其可能因这剩余的100万未履行而被追究拒执罪责任。
还款时间与拒执行为的关系：
- 如果被执行人在判决、裁定生效后，先实施了拒执行为（如隐藏、转移财产），后才偿还了部分款项，那么其之前的拒执行为仍然可能构成拒执罪。因为拒执罪关注的是被执行人在判决、裁定生效后的行为表现，而非其最终的还款情况。
三、法律建议
- 核实还款情况：首先，需要核实被执行人是否已经全额履行了生效判决、裁定所确定的义务。如果已经全额履行，那么其不构成拒执罪。
- 收集证据：如果被执行人只是部分履行或存在拒执行为，那么需要收集相关证据（如银行转账记录、财产转移记录等）以证明其有能力执行而拒不执行，且情节严重。
- 咨询专业律师：由于拒执罪的认定涉及复杂的法律事实和证据收集，建议被执行人或相关权利人咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
举例说明：假设某法院判决被执行人支付1200万，被执行人在判决生效后先转移了部分财产，后偿还了900万。此时，虽然被执行人已经偿还了大部分款项，但由于其之前存在转移财产等拒执行为，且剩余300万有能力支付却拒不支付（假设存在相关证据），那么其仍然可能构成拒执罪。
总结：被执行人已经偿还了900万款项后，法院是否还能判决其构成拒执罪，需结合其是否已经全额履行、是否存在拒执行为以及情节是否严重等因素进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。