协议双方达成一致后，可以直接在协议上修改，但需遵循一定的法律程序和注意事项。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 修改协议的法律效力

• 双方同意原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）的修改需经双方当事人协商一致。因此，只要双方都同意在协议上直接修改，并且修改内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种修改就是有效的。
• 书面形式要求：虽然双方可以在协议上直接修改，但为了确保修改的明确性和可证明性，建议采用书面形式进行修改，并由双方签字或盖章确认。这样，在后续发生争议时，可以更容易地证明修改的内容和双方的真实意思表示。

2. 修改协议的具体操作

• 直接修改并签字：如果双方都同意在协议上直接修改，可以在修改处签字或盖章，以表明双方对修改内容的认可。这种方式简单直接，但需要注意保留修改的痕迹，以便后续查证。
• 补充协议形式：除了直接在协议上修改外，双方还可以选择签订补充协议的方式对原协议进行修改。补充协议应明确指出修改的内容、生效时间等关键信息，并由双方签字或盖章确认。这种方式更加正式，也更容易被第三方所认可。

3. 修改协议时需要注意的事项

• 修改内容的明确性：修改协议时，应确保修改内容的明确性和具体性，避免出现模糊不清或产生歧义的表述。否则，可能会导致后续争议的发生。
• 保留原协议副本：在修改协议前，建议双方保留原协议的副本，以便在需要时进行比对和查证。同时，也可以避免因修改不当而导致原协议内容丢失或无法恢复的情况。
• 遵守法律程序：如果修改的内容涉及到需要办理批准、登记等手续的，双方应依法办理相关手续，以确保修改的合法性和有效性。

4. 修改协议后的法律后果

• 对双方的权利义务产生影响：协议修改后，双方的权利义务将按照修改后的内容执行。因此，在修改协议前，双方应充分评估修改内容对各自权利义务的影响，并作出相应的调整。
• 可能引发的争议：如果修改协议时存在瑕疵或不当之处，可能会引发后续的争议。因此，在修改协议时，双方应谨慎对待每一个修改细节，确保修改的合法性和合理性。

建议：在实际操作中，为了确保修改协议的合法性和有效性，建议双方在修改前充分沟通、协商，并明确修改的内容和目的。同时，也可以考虑咨询专业律师的意见，以确保修改协议的合法性和合理性。如果您在修改协议过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。