当公司股东中的法人股东注销时，其持有的上市公司股票及相关权益的处理确实需要遵循一系列法律法规和公司章程的规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、股权归属与继承问题
明确股权归属：
- 法人股东注销后，首要任务是确定其股权的归属。若法人股东在注销前已通过合法途径（如股权转让协议）处置了其股权，则应按照协议内容执行。
- 若法人股东未在注销前处置股权，则需根据具体情况处理。这可能涉及破产清算程序，其中股权可能作为清算财产进行分配。
继承或承受：
- 若法人股东的股权被视为可继承财产，并且公司章程中没有禁止性规定，那么其继承人可以依法继承股东资格。
- 继承过程需严格遵循遗产继承和股权转让的相关法律法规，确保继承的合法性和有效性。
二、公司治理结构变化
- 法人股东注销可能导致其委派的代表失去授权，进而影响公司治理结构。为确保公司治理的稳定性和有效性，公司应及时调整决策和管理机制。
- 这可能包括重新选举董事会成员、调整监事会结构或修改公司决策流程等。
三、出资义务问题
- 若法人股东在注销前未完全履行出资义务，公司有权要求其补足出资。
- 若法人股东已注销，公司可向其清算义务人（如清算组或相关责任人）主张权利，要求其承担出资责任。这有助于保护公司和其他股东的合法权益。
四、处理措施
核实注销情况：
- 公司应查询工商登记档案，获取法人股东注销的相关文件，核实注销的原因和程序的合法性。
确定股权处理方式：
- 根据法人股东注销前的股权处置情况和公司章程规定，公司可以采取股权转让、继承或承受、清算处理等方式确定股权归属。
修改公司章程：
- 根据股权变更情况，公司应及时修改公司章程中关于股东信息、股权结构等内容，并按规定进行备案。
办理工商变更登记：
- 完成股权处理和公司章程修改后，公司应及时向工商行政管理部门办理股东变更登记手续，确保公司登记信息的准确性和合法性。
五、法律依据与注意事项
- 法律依据：处理法人股东注销相关问题时，公司应严格遵守《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国公司登记管理条例》等法律法规的要求。
- 注意事项：
- 处理过程中需确保所有手续合法合规，避免法律纠纷。
- 充分考虑其他股东权益和公司整体利益，确保处理措施的公平性和合理性。
- 及时办理相关变更登记手续，确保公司正常运营和信息的准确性。
综上所述，处理公司股东中法人股东注销后的股权和权益问题是一项复杂而细致的工作。公司应根据具体情况采取合适的措施，并咨询专业律师的意见以确保处理的合法性和有效性。