结论前置：女朋友的父亲有案底，一般情况下不会直接影响你们未来的子女在一般民事权利义务、日常生活和工作等方面。但在某些特定情况和领域，如政治审查、特殊职业资格申请等，可能会存在一定的间接关联或影响，具体程度需根据案底的性质、严重程度及所涉领域的具体要求而定。
详细分析：
一般民事权利义务无直接影响：
- 从法律角度来看，我国遵循“罪责自负”原则，即个人仅对其自身实施的违法犯罪行为承担责任，不会累及他人。因此，女朋友父亲的案底，在法律上通常不会对你们未来的子女在一般民事权利义务（如财产继承、教育权利等）方面产生直接影响。子女的法律地位和权益是独立的，不受其家庭成员犯罪记录的影响。
政治审查方面的可能影响：
- 如果子女将来要报考一些对政治背景要求严格的单位或职位，如参军入伍、报考某些重要岗位的公务员（特别是国安、公安、机要等特殊职位），可能会面临较为严格的政治审查。在这种情况下，女朋友父亲的案底可能会被作为审查的一部分进行考量。但具体影响程度需根据案底的性质、严重程度以及所报考岗位的具体要求来确定。例如，如果案底涉及严重犯罪，可能会对子女的政审结果产生较大影响；如果案底较轻，则可能影响较小或没有影响。
特殊职业资格申请的潜在影响：
- 在某些特殊职业资格申请中，如涉及高度公共安全、道德审查极为严格的职业（如律师、法官、检察官等），资格审核过程中可能会调查申请人的家庭背景。虽然这种情况相对较少，但存在因亲属案底而受到一定影响的可能性。这主要取决于所申请职业的具体要求和审核标准。例如，某些职业可能明确要求申请人及其直系亲属无犯罪记录，此时女朋友父亲的案底就可能成为申请的障碍。
社会观念与偏见：
- 除法律层面的影响外，社会观念也是一个不可忽视的因素。在某些社会环境中，人们可能会因家庭成员的犯罪记录而对后代持有某种偏见或看法。这种偏见或看法可能会影响后代的社交、教育等方面。例如，孩子可能会因为外公的案底而受到周围人的异样眼光或评价，进而产生心理压力和困扰。尽管这并不是法律上的直接影响，但也是值得关注和考虑的一个方面。
建议与总结：
- 由于具体法律、政策以及社会观念等因素的差异，无法给出一个确定的答案来概括所有情况。如果对此类问题有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供更针对性的分析和指导。
- 同时，家长也应关注孩子的心理健康，通过良好的教育和引导帮助孩子建立正确的价值观和应对能力。让孩子明白，个人的价值和能力并不取决于家庭成员的过去，而是取决于自己的努力和选择。
综上所述，女朋友的父亲有案底并不一定会对三代产生直接影响，但在某些特定情况和领域可能会存在一定的间接关联或影响。因此，在面对相关问题时，应综合考虑多种因素并寻求专业意见。