结论前置：女方爸爸有案底，从法律上来说，通常不会直接影响你们未来的子女在一般民事权利义务、日常生活和工作等方面。但在某些特定情况和领域，如政治审查、特殊职业资格申请等，可能会存在一定的间接关联或影响。
详细分析：
对一般民事权利义务无直接影响：
- 女方爸爸的案底，在法律上通常不会对你们未来的子女在财产继承、教育权利等一般民事权利义务方面产生直接影响。子女的法律地位和权益是独立的，不受其家庭成员犯罪记录的影响。
可能影响政治审查：
- 如果子女将来要报考一些对政治背景要求严格的单位或职位，如参军入伍、报考某些重要岗位的公务员（特别是国安、公安、机要等特殊职位），可能会面临较为严格的政治审查。在这种情况下，女方爸爸的案底可能会被作为审查的一部分进行考量，具体影响程度需根据案底的性质、严重程度以及所报考岗位的具体要求来确定。
特殊职业资格申请的潜在影响：
- 在申请某些特殊职业资格时，如涉及高度公共安全、道德审查极为严格的职业，资格审核过程中可能会调查申请人的家庭背景。虽然这种情况相对较少，但存在因亲属案底而受到一定影响的可能性，这主要取决于所申请职业的具体要求和审核标准。
社会观念与偏见：
- 除法律层面的影响外，社会观念也是一个不可忽视的因素。在某些社会环境中，人们可能会因家庭成员的犯罪记录而对后代持有某种偏见或看法，这种偏见或看法可能会影响后代的社交、教育等方面。尽管这并不是法律上的直接影响，但也是值得关注和考虑的一个方面。
综上所述，女方爸爸有案底并不一定会对第三代产生直接影响，但在某些特定情况和领域可能会存在一定的间接关联或影响。如果对此类问题有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我可以根据具体情况提供更针对性的分析和指导。