机关复函在符合一定条件下，是可以作为案件证据的。以下从不同角度为你详细分析：
机关复函作为证据的合法性
根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，证据的种类包括书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、当事人的陈述、鉴定意见、勘验笔录、现场笔录等。机关复函，若是以书面形式作出，且内容真实、来源合法，与案件事实具有关联性，那么它本质上属于书证的一种，因此具备作为证据的合法性基础。
机关复函作为证据的有效性条件
真实性：复函的内容必须真实可靠，不能是伪造或篡改的。这要求复函的出具机关具有相应的职权，且复函内容是基于其职权范围内的调查和核实作出的。
关联性：复函的内容必须与案件事实具有直接的关联性，能够证明或反驳案件中的某个事实或法律问题。如果复函内容与案件无关，那么它就不能作为有效的证据。
合法性：复函的出具程序必须合法，包括出具机关的职权、复函的出具程序、复函的形式等都必须符合法律的规定。如果复函的出具程序存在违法情形，那么它可能被视为无效证据。
机关复函作为证据的实践应用
在司法实践中，机关复函作为证据的情况并不少见。例如，在行政诉讼中，如果原告对行政机关的某个具体行政行为提出异议，而行政机关在诉讼过程中出具了复函来解释或说明其行政行为的依据和理由，那么这份复函就可能成为法院审理案件的重要证据。同样，在民事诉讼中，如果机关复函能够证明某个事实或法律关系的存在或不存在，那么它也可能被法院采纳为证据。
注意事项
虽然机关复函可以作为证据，但在使用过程中也需要注意以下几点：
对复函的审查：法院在审查复函作为证据时，会对其真实性、关联性和合法性进行严格的审查。如果复函存在瑕疵或不符合证据要求，那么它可能被排除在证据之外。
复函的补充证据：机关复函虽然可以作为证据，但往往不是唯一的证据。在诉讼过程中，当事人还需要提供其他证据来支持自己的主张或反驳对方的主张。
专业律师的协助：由于法律问题的复杂性和专业性，当事人在处理涉及机关复函作为证据的问题时，最好寻求专业律师的协助。律师可以帮助当事人分析复函的法律效力、准备相关证据材料、制定诉讼策略等。
如果你在处理涉及机关复函作为证据的法律问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。