若在诉讼中发现对方提交的证据复印件存在遮盖情况，可按以下步骤处理：

1. 立即提出异议并要求核对原件
   根据《民事诉讼法》第七十条，证据应当提交原件或原物，确有困难的可提交复制品、照片等。若对方仅提供遮盖的复印件，您有权在质证环节明确提出异议，要求对方出示完整原件或解释遮盖部分的合法性（如涉及隐私、商业秘密需法院许可）。若对方无法提供，该证据可能因真实性存疑被法院排除。

2. 申请法院责令对方补充完整证据
   若遮盖部分直接影响案件关键事实（如合同金额、签名、日期等），可依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第四十七条，书面申请法院要求对方补充完整证据或说明遮盖理由。法院若认定遮盖行为妨碍诉讼，可能直接否定该证据效力。

3. 利用遮盖行为反推对方证据弱点
   若对方故意遮盖可能对其不利的部分（如瑕疵条款、不利陈述），可在答辩状或庭审中强调其“选择性提交证据”的行为违反诚实信用原则，削弱该证据的证明力。同时，可结合其他证据（如己方持有的完整合同、沟通记录等）形成证据链，反驳对方主张。

4. 特殊情况处理：涉及隐私或商业秘密的遮盖
   若对方主张遮盖部分涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密，需依据《民事诉讼法》第六十八条，要求其向法院申请不公开质证，并由法院审查决定。若法院准许，您仍可要求对方在保密范围内提供完整证据供核对，但不得公开传播。

实务建议：

• 庭审中需明确记录对方证据的遮盖情况（如页码、遮盖内容位置），作为后续上诉或申请再审的依据。
  
• 若对方拒不配合，可向法院申请调查取证，或依据《民事诉讼法》第一百一十四条申请对其妨碍诉讼的行为进行处罚。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。