结论：在交通事故赔偿协议已达成但一方反悔并申请保全的情况下，车辆能否被放行取决于多个因素，包括保全的性质、法院的裁定以及协议的具体内容等。以下从不同角度进行详细分析。
一、保全的性质与车辆放行
诉前保全与诉中保全：
- 若反悔方申请的是诉前保全，且在法院采取保全措施后一定期限内（通常为30日）未提起诉讼或申请仲裁，则保全措施会自动解除，车辆可以被放行。
- 若反悔方申请的是诉中保全，即已在诉讼过程中申请保全，则车辆能否被放行需根据法院的裁定。若法院认为保全措施必要且合理，可能会继续维持保全，车辆则不能被放行；若法院认为保全措施不再必要或存在其他法定解除情形，则可能会裁定解除保全，车辆可以被放行。
保全的标的与范围：
- 若保全的标的仅为赔偿款，而未涉及车辆本身，则车辆的正常使用和放行通常不受影响。
- 若保全的标的包括车辆，则车辆在保全期间通常不能被放行，除非法院裁定解除保全或变更保全措施。
二、协议的具体内容与履行情况
协议的有效性：
- 若赔偿协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，则协议有效。一方反悔并申请保全，不影响协议本身的效力，但可能影响协议的履行。
- 若赔偿协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，则受损害方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。在此情况下，车辆能否被放行需根据法院或仲裁机构的裁定。
协议的履行情况：
- 若协议已部分或全部履行，且反悔方无充分理由要求解除或变更协议，则法院可能不会支持其保全申请，车辆可以被放行（若未被保全）。
- 若协议尚未履行或履行存在争议，且反悔方提供了充分的证据证明其权益可能受到损害，则法院可能会支持其保全申请，车辆在保全期间不能被放行。
三、法律建议与后续行动
审查协议与保全申请：
- 反悔方应仔细审查赔偿协议的内容和履行情况，以及保全申请的理由和依据。若认为协议存在无效或可撤销的情形，或保全申请缺乏充分依据，应及时向法院提出异议。
- 另一方则应积极应对保全申请，提供相反证据证明保全措施的不必要性或不合理性。
寻求法律帮助：
- 双方均可咨询专业律师，了解自身权利和义务，以及可能的法律后果。律师可以提供法律意见、协助准备证据材料、参与诉讼或仲裁等。
遵守法院裁定：
- 无论车辆能否被放行，双方均应遵守法院的裁定。若对裁定不服，可在法定期限内提出上诉或申请复议。
特别提醒：在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。若车辆被保全且影响正常生活或工作，可向法院申请提供担保以解除保全或变更保全措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。