处理公司仍在运营但欠款不还的问题，应优先考虑友好协商，若协商无果，则可通过发送催款函、申请支付令、提起诉讼等法律手段逐步升级应对，并视情况考虑申请财产保全，以保障债权实现。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、友好协商与催告
主动沟通：
- 首先，尝试与公司进行友好协商，了解欠款的具体原因及公司的还款计划。
- 通过正式函件或面谈方式，明确表达你的诉求，要求公司在合理期限内支付款项。
保留证据：
- 在沟通过程中，务必保存好合同协议、交易记录、沟通邮件等书面材料，这些将作为后续法律行动的重要依据。
发送催款函：
- 若协商未果，可向公司发送具有法律效力的催款函。催款函应明确欠款金额、事实、还款期限等关键信息，并警告可能采取的法律措施。
- 催款函可通过邮政特快专递（EMS）等可追踪方式送达，并保留快递底单和物流信息，以证明已履行催告义务。
二、法律途径解决
申请支付令：
- 适用条件：债权债务关系明确、合法，且符合《民事诉讼法》规定的条件，如请求给付的金钱已到期且数额确定、无其他债务纠纷等。
- 操作流程：向有管辖权的基层人民法院提出申请，法院经审查认为符合条件的，在受理之日起十五日内向债务人发出支付令。债务人应在收到支付令之日起十五日内清偿债务或提出书面异议。若债务人不提出异议又不履行支付令，债权人可向法院申请执行。
提起民事诉讼：
- 起诉准备：整理完整的证据链，包括合同、对账单、催款记录等，撰写民事起诉状并提交至有管辖权的法院。
- 诉讼流程：
- 立案阶段：法院审核材料后决定是否受理。
- 审理阶段：组织双方举证质证，查明事实。
- 判决阶段：根据证据规则作出裁决，支持合法诉求。
- 执行程序：若胜诉后对方公司仍不履行判决，可在规定时间内申请法院强制执行。
申请财产保全：
- 目的：确保在胜诉后能够顺利执行到欠款。
- 条件与程序：因情况紧急，不立即申请保全将会使合法权益受到难以弥补的损害时，可在提起诉讼或申请仲裁前，向被保全财产所在地、被申请人住所地或对案件有管辖权的人民法院申请采取保全措施。法院根据申请对对方公司的财产进行查封、扣押、冻结等措施，防止其转移、隐匿财产。
三、其他考虑因素
评估对方公司的偿债能力：
- 在采取法律行动之前，了解对方公司的财务状况和偿债能力，以判断是否有必要继续追讨欠款或寻求其他解决方案，如债务重组、分期还款等。
关注诉讼时效：
- 注意欠款的诉讼时效问题，确保在法定时效期内提起诉讼或申请仲裁，以免丧失胜诉权。
寻求专业帮助：
- 如果对法律程序不熟悉或担心无法有效维护自己的权益，可以寻求专业律师的帮助。作为专业律师，我将根据你的具体情况，提供个性化的法律解决方案。
在整个处理过程中，确保证据充分是关键。同时，根据实际情况灵活选择处理策略，以最大程度地保护你的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。