若申请执行人对评估报告有异议，可按照以下步骤处理：

1. 及时提出书面异议
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第六条，申请执行人应在收到评估报告后5日内以书面形式向法院提出异议，说明具体异议内容及理由（如评估方法错误、遗漏重要财产、评估价值明显偏离市场价等）。逾期未提出的，法院可能视为认可评估结果。

2. 法院审查与处理
   法院收到异议后，会通知评估机构复核。评估机构需在10日内书面答复。若异议成立，法院可能要求评估机构重新评估或补充说明；若异议不成立，法院会驳回并说明理由。
   特殊情形：若异议涉及评估机构资质、程序违法等根本性问题，法院可能直接委托其他评估机构重新评估。

3. 申请专家复议（可选）
   若对评估机构的复核结果仍不服，申请执行人可向法院申请专家委员会复议。法院会组织3名以上行业专家对评估报告进行技术审查，并出具书面意见。复议结果为终局性，直接影响后续执行程序。

4. 通过执行异议之诉救济（极端情形）
   若评估报告直接导致财产处置价格严重偏离市场价值，损害申请执行人权益，可在拍卖成交后通过执行异议之诉主张撤销拍卖或要求赔偿。但此路径需严格证明因果关系，诉讼成本较高，建议优先通过前述程序解决。

实务建议：

• 异议内容需具体且附证据（如同类财产市场交易记录、评估机构资质证明等），避免泛泛而谈；
  
• 关注法院审查期限，及时跟进处理进度，防止因程序拖延影响执行效率；
  
• 若涉及复杂财产（如股权、知识产权），建议提前委托专业机构出具对比意见，增强异议说服力。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。