涉案财物中，一般由持有人保管的情形主要包括以下几种：

1. 与案件无关的合法财物
   若涉案财物经查证与案件无关，属于持有人的合法财产（如个人生活用品、合法收入等），公安机关或检察机关通常会将财物返还持有人，由其自行保管。这是基于“无罪推定”原则及对公民财产权的保护。

2. 需继续使用的生产生活资料
   若涉案财物为持有人维持基本生产生活的必需品（如交通工具、经营工具等），且与案件无直接关联，司法机关可能允许持有人继续保管使用，但会要求其签署保管承诺书，并明确保管责任。

3. 特殊类型财物的保管限制
   对于易腐坏、贬值或需特殊条件保存的财物（如生鲜、贵重物品等），若扣押可能导致价值减损，司法机关可能要求持有人提供担保后，由其暂时保管，但需接受定期检查。

4. 未达扣押标准的财物
   若财物价值较低或与案件关联性较弱，未达到法定扣押条件（如未被认定为作案工具或赃款赃物），司法机关通常不会扣押，而是由持有人自行保管。

例外情形与注意事项：

• 若持有人存在隐匿、转移财物风险，或财物可能被用于继续违法活动，司法机关会依法扣押并交由专门机构保管。
  
• 持有人需妥善保管财物，不得损毁、转移或变卖，否则可能承担法律责任。
  
• 对保管决定有异议的，持有人可依法申请复议或诉讼。

法律依据：
《刑事诉讼法》第141条、第145条明确，对查封、扣押的财物，需经查明确实与案件无关的，应在三日内解除查封、扣押并退还；同时规定，对不宜长期保存的物品，可委托有关部门变卖、拍卖后保存价款。

如有具体案件或财物类型需进一步分析，可直接向我提问。