若机关团体用地被合法拍卖，处理方式需分情况讨论：

1. 若拍卖程序合法且土地使用权已被依法收回
   根据《民法典》第358条及《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第47条，机关团体用地若因公共利益需要（如城市规划调整、政府收储等）被依法收回，且已完成补偿程序后进入拍卖环节，原使用单位需配合办理土地权属变更手续。
   处理建议：

   • 核实拍卖公告、评估报告、补偿协议等文件是否齐全；
     
   • 若对补偿金额或程序有异议，可在法定期限内通过行政复议或行政诉讼主张权利；
     
   • 土地交付后，原使用单位不得再以任何理由主张权利。

2. 若拍卖程序存在违法情形（如未履行法定程序、评估显失公平等）
   根据《行政诉讼法》第12条，若拍卖行为系行政机关违法作出（如未召开听证会、未公告等），原使用单位可提起行政诉讼，请求确认拍卖行为违法并撤销。
   处理建议：

   • 收集拍卖程序违法的证据（如未公告、评估报告未送达等）；
     
   • 在知道或应当知道拍卖行为之日起6个月内提起诉讼；
     
   • 若土地已被第三人善意取得，可主张行政赔偿而非撤销拍卖。

3. 若土地使用权未被依法收回即被拍卖
   根据《民法典》第209条，土地使用权未经依法变更登记，不得转让。若行政机关未完成收回程序即拍卖土地，属于无权处分，原使用单位可主张拍卖合同无效。
   处理建议：

   • 向法院提起民事诉讼，请求确认拍卖合同无效；
     
   • 同时可向纪检监察机关举报行政机关违法处置国有资产；
     
   • 若土地已被第三人占有，可要求返还土地并赔偿损失。

关键风险提示：

• 机关团体用地属国有资产，拍卖需严格履行《政府采购法》《招标投标法》等程序；
  
• 若拍卖款未优先用于清偿土地上的债务（如工程款、职工安置费等），可能面临执行异议；
  
• 建议在拍卖前委托律师对程序合法性进行尽职调查。

如有具体案件材料（如拍卖公告、补偿协议等），可直接提供，我将进一步分析法律风险。