在建工程抵押贷款的他项权证由建设科办理，这一做法通常是不合法的，因为一般应由当地的房地产管理部门或不动产登记机构负责办理。以下是对此问题的详细分析：
一、他项权证办理的一般规定
他项权证是房屋抵押权设立的法定证明文件，根据相关法律法规，其办理通常应由房地产管理部门或不动产登记机构负责。这些机构具有专业的资质和权限，能够确保他项权证的合法性和有效性。
二、建设科办理他项权证的合法性分析
权限问题：
- 建设科通常负责建筑工程的管理和监督，并不具备办理他项权证的法定权限。因此，从权限角度来看，建设科办理他项权证是不合法的。
程序问题：
- 办理他项权证需要遵循一定的程序和规定，包括提交相关材料、进行权属审核、登记发证等。这些程序通常由房地产管理部门或不动产登记机构负责执行。如果建设科未经授权擅自办理他项权证，可能违反相关程序规定，导致他项权证的合法性受到质疑。
风险问题：
- 如果他项权证由不具备法定权限的机构办理，可能存在权属不清、登记错误等风险。这些风险可能导致抵押权无法有效设立，进而影响贷款的安全性和合法性。
三、合法办理他项权证的途径
为了确保在建工程抵押贷款的他项权证合法有效，应遵循以下途径办理：
向房地产管理部门或不动产登记机构申请：
- 抵押人应向当地的房地产管理部门或不动产登记机构提交相关材料，包括抵押合同、在建工程权属证明等，申请办理他项权证。
遵循法定程序：
- 在办理过程中，应遵循法定程序和规定，确保材料的真实性和完整性，以及登记的准确性和合法性。
及时领取他项权证：
- 经过审核和登记后，抵押人应及时领取他项权证，并妥善保管。
四、建议与风险提示
- 建议：如果您正在办理在建工程抵押贷款，并需要办理他项权证，请务必向当地的房地产管理部门或不动产登记机构咨询并申请办理。不要轻信非法定机构或个人的承诺和办理行为。
- 风险提示：如果他项权证由不具备法定权限的机构办理，可能导致抵押权无法有效设立，进而影响您的贷款安全性和合法性。因此，请务必谨慎选择办理机构，并遵循法定程序和规定。
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