合同变更短信通知在符合一定条件时可以生效，但并非绝对有效，具体需分情况讨论：

1. 双方已明确约定短信通知为变更方式
   若合同中已明确约定“任何变更需通过短信通知并经对方回复确认”，或双方事后通过书面补充协议达成此类约定，则短信通知在对方回复确认后生效。此时短信通知的效力等同于书面协议，符合《民法典》第143条关于民事法律行为有效性的规定（行为人具有相应能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定）。

2. 未明确约定但对方实际履行变更内容
   若合同未约定通知方式，但一方通过短信通知变更后，对方以实际行动（如履行变更后的义务、接受变更后的权益）表示同意，则根据《民法典》第543条“当事人协商一致可以变更合同”及第544条“对变更内容约定不明确的推定为未变更”的例外情形，短信通知可因对方实际履行行为而生效。例如：甲方短信通知乙方提高货物单价，乙方后续按新价格支付货款，可视为双方达成变更合意。

3. 未约定且对方未实际履行时的效力风险
   若合同未约定通知方式，且对方未回复确认或未实际履行变更内容，则短信通知单独无法产生变更效力。此时需补充书面协议、邮件、录音等证据形成完整证据链，否则可能因举证不足被认定为未变更。例如：甲方短信通知乙方延长交货期，但乙方未回复且仍按原期限交货，则变更未成立。

风险提示与建议：

• 短信通知的易篡改性（如截图伪造）可能导致其证明力弱于书面文件，建议通过公证或电子签名技术增强证据效力；
  
• 涉及重大变更（如标的额增减、权利义务根本性调整）时，务必补充书面协议，避免因形式瑕疵引发纠纷；
  
• 若对方否认收到短信，可结合通话记录、邮件、微信等多元证据佐证通知事实。
  

如有具体合同变更场景或纠纷，可直接向我咨询，我会结合条款细节与司法实践为您分析风险点。