结论前置：当公司开除员工但员工不肯离开时，公司应首先确保开除决定的合法性和程序的正当性，然后通过沟通协商、书面通知、限制权限、报警处理及法律手段等步骤来妥善处理，以维护公司的正常运营秩序和合法权益。以下是详细的处理方案：
一、确保开除决定的合法性与程序正当性
审查开除依据：
- 公司应确保开除决定符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如员工存在严重违反规章制度、严重失职、被依法追究刑事责任等情形。
- 检查所依据的事实是否确凿，相关规章制度是否经过民主程序制定并向员工公示。
遵循法定程序：
- 确认开除程序符合法律要求，包括是否提前通知员工（如适用）、是否经过工会程序（如果公司设有工会且适用）等。
- 出具解除劳动合同证明书，明确解除的原因、日期及应办理的离职手续。
二、沟通协商与书面通知
诚恳沟通：
- 与员工进行真诚的面对面沟通，清晰、客观地向其解释开除的具体原因，提供相关的事实依据和规章制度条款。
- 倾听员工的诉求和意见，给予他们充分表达自己想法的机会，尝试达成共识。
书面通知：
- 以书面形式正式通知员工解除劳动关系的决定，明确告知离职日期、离职手续以及办理离职的期限。
- 书面通知应通过正式方式送达，如挂号信、快递等，并保留送达凭证，如签收记录或寄送回执。
三、应对员工拒绝离开的措施
限制员工权限：
- 根据公司规定，及时限制员工的工作权限，如收回门禁卡、工作账号密码、邮箱权限等，以防止对公司业务和信息造成损害。
- 在办公区域设置安保人员，防止员工滞留影响正常经营，但需确保行为合法合规，避免侵犯员工合法权益。
报警处理：
- 若员工在接到书面通知后仍然拒绝离开，且其行为构成非法侵入或扰乱公司正常运营（如堵门、威胁同事等），公司可选择报警处理。
- 警方可根据实际情况进行调解或采取必要的法律措施，如以“寻衅滋事”或“非法侵入”处理，以确保公司秩序。
劳动仲裁与诉讼准备：
- 若员工认为开除决定违法，有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在此过程中，公司应提供充分证据证明开除决定的合法性和合理性，如劳动合同、规章制度、考勤记录、解雇通知书等。
- 公司也应做好应对诉讼的准备，委托律师评估胜诉概率，避免因程序瑕疵导致违法解除的法律风险（需支付2N赔偿金）。
四、特殊场景应对指南
- 员工声称患病或怀孕：若员工声称患病或怀孕，公司需立即暂停开除流程，待医疗期结束或孕期、产期、哺乳期结束后重新评估。在此期间，公司应继续履行劳动合同义务，如支付工资、缴纳社保等。
- 集体性抗拒离职：若发生集体性抗拒离职事件，公司应优先与工会协商，制定分批离职方案，避免群体性事件。同时，公司可寻求劳动监察部门或第三方调解机构的协助，以和平方式解决问题。
- 舆论风险：公司应监控社交媒体动态，及时发布官方声明澄清事实，避免品牌声誉受损。在处理过程中，公司应保持冷静和理性，避免与员工发生公开冲突。
五、预防未来纠纷的管理优化
完善规章制度：
- 明确界定“严重违纪”“不胜任工作”等条款，并通过民主程序公示。
- 定期更新员工手册，增加“拒不离职的处理办法”等条款。
规范开除流程：
- 建立开除审批制度，由HR、法务、管理层多级审核。
- 开除前进行背景调查，避免误伤受保护群体（如孕期女员工）。
建立离职缓冲机制：
- 提供职业过渡支持（如推荐信、行业资源对接），降低员工抵触情绪。
- 对高冲突风险的开除案件，考虑第三方调解机构介入。
总结与建议：公司在处理员工拒绝离开的问题时，务必保持冷静和理性，避免激化矛盾。同时，要确保自身行为的合法性，遵循法定的程序和要求。通过沟通协商、书面通知、限制权限、报警处理及法律手段等步骤，可以有效维护公司的正常运营秩序和合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。