企业林地使用超出批准面积的，属于违法行为，需承担相应法律责任并采取补救措施，具体处理方式如下：

1. 立即停止违法行为
   企业发现超面积使用林地后，应第一时间停止继续占用超出部分，避免违法状态持续扩大。若涉及正在进行的施工或开发活动，需立即暂停相关作业。

2. 主动补办审批手续（若符合条件）
   若超占面积较小且林地性质允许调整，企业可向原审批部门（如林业主管部门）申请补办用地手续，说明超占原因、面积及整改方案。但需注意：

   • 补办手续需以符合林地保护规划、未造成严重生态破坏为前提；
     
   • 若超占部分涉及生态保护红线、自然保护区等禁止开发区域，补办手续的可能性极低。

3. 接受行政处罚
   根据《森林法》《森林法实施条例》等规定，超面积使用林地可能面临以下处罚：

   • 罚款：按超占面积处以每平方米10元至30元的罚款（具体标准因地区而异）；
     
   • 限期恢复植被：责令限期拆除超占部分设施，恢复林地植被；
     
   • 没收违法所得：若超占部分已产生收益（如出售木材、土地租赁收入），可能被没收。

4. 承担刑事责任（若情节严重）
   若超占面积较大（如达到刑事立案标准，通常为10亩以上）或造成严重生态破坏，可能构成“非法占用农用地罪”，企业直接负责的主管人员和其他责任人员可能被处以五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

5. 生态修复与赔偿
   企业需承担超占部分林地的生态修复责任，包括补种树木、恢复植被等。若因超占导致他人或公共利益受损（如水土流失、野生动物栖息地破坏），还需承担民事赔偿责任。

建议行动步骤：

1. 立即委托专业机构对超占面积进行测绘，固定证据；
   
2. 咨询林业主管部门，明确补办手续的可能性及要求；
   
3. 制定整改方案，包括退还超占部分、生态修复计划等；
   
4. 若面临处罚或诉讼，及时委托律师介入，争取从轻处理。
   

温馨提示：林地使用需严格遵循审批范围，超占行为可能引发行政、刑事双重责任。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我提问。