结论前置：每月工资5000元是否会被支付令扣款，需分情况讨论，具体如下：
- 若存在合法有效的支付令且符合扣款条件，则可能被扣款
根据《民事诉讼法》第225条，债权人可向法院申请支付令，要求债务人清偿到期债务。若法院审查后发出支付令，且债务人（即您）在15日内未提出异议或异议不成立，支付令即生效。此时，若您的工资收入属于可执行财产范围（如无其他法定豁免情形），法院有权根据债权人的申请，通过扣划工资的方式强制执行。
关键点：
- 支付令需基于合法债权（如借款、劳务报酬等）；
- 扣款金额通常以“保留必要生活费用”为前提，具体标准由法院根据当地生活水平及您家庭情况裁定，不会全额扣划5000元工资。
- 若存在法定豁免情形或支付令程序违法，则不会被扣款
即使工资被申请执行，以下情形可阻止扣款：
- 工资性质豁免：根据《民事诉讼法》第243条，若您的工资属于“最低生活保障费用”或“法律、法规规定不得扣划的其他财产”（如社保、养老金等），法院不得强制执行；
- 程序瑕疵：若支付令的申请、审查或送达程序存在违法（如未依法送达、债权债务关系不明确），您可在15日内提出书面异议，法院裁定驳回支付令申请后，扣款程序终止；
- 执行异议：若您认为扣款金额超出必要生活费用，可向法院提出执行异议，要求调整扣款比例。
建议：
若您收到支付令，务必在15日内核对债权真实性及金额合理性。如有异议，及时向法院提交书面材料（如还款记录、生活困难证明等）；若无异议，可主动与债权人协商分期还款，避免工资被强制扣划。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。