原句“甲方承担乙方因此证件不能使用期间的损失赔偿”可以修改为更加明确和具有法律效力的表述。以下是几种修改建议：
明确时间范围与责任范围：
- 修改为：“甲方应承担乙方因证件无法使用期间所产生的全部直接经济损失的赔偿责任。”
- 理由：此表述明确了甲方承担责任的时间范围（证件无法使用期间）和责任范围（全部直接经济损失），使得条款更加具体和可执行。
增加赔偿计算方式：
- 修改为：“甲方应按照乙方因证件无法使用而实际遭受的直接经济损失金额，向乙方进行赔偿。”
- 理由：此表述不仅明确了责任范围，还增加了赔偿的计算方式（实际遭受的直接经济损失金额），有助于在发生争议时确定赔偿数额。
考虑间接损失与特殊情况：
- 若需考虑间接损失或特殊情况下的赔偿，可修改为：“甲方应承担乙方因证件无法使用期间所产生的直接及间接经济损失的赔偿责任，但因乙方自身过错导致的损失除外。”
- 理由：此表述在明确直接经济损失赔偿的同时，也考虑了间接经济损失的赔偿，并排除了因乙方自身过错导致的损失，使得条款更加全面和公平。
在修改合同时，还需要注意以下几点法律背景与建议：
- 合同条款的明确性：合同条款应当明确、具体，避免使用模糊或歧义的表述。修改后的条款应能够清晰地界定双方的权利和义务。
- 赔偿范围的合理性：赔偿范围应当合理，既不过大也不过小。过大的赔偿范围可能增加甲方的负担，而过小的赔偿范围则可能无法充分保障乙方的权益。
- 法律合规性：修改后的条款应符合相关法律法规的规定，不得违反法律的强制性规定或公序良俗。
若合同双方在修改过程中产生争议，建议采取以下措施：
- 协商解决：双方应首先通过协商的方式解决争议，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求专业法律意见：若协商无果，双方可寻求专业律师的法律意见，以明确各自的权利和义务，并寻求合法的解决途径。
- 诉讼或仲裁：在必要时，双方可通过诉讼或仲裁的方式解决争议。在此过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张。
最后，需要强调的是，合同条款的修改应谨慎进行，确保修改后的条款符合双方的意愿和法律规定。若在修改过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见。