林地被侵占确实归自然资源部门查处，但并非唯一查处部门，具体还需结合侵占行为的性质和情节来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、自然资源部门的职责与查处
自然资源部门负责土地资源的统一管理，包括林地。当林地被非法侵占，特别是涉及改变林地用途或违规建设时，自然资源部门有权从土地规划、用途管制等角度介入调查，并依法处理违法占地问题。他们可以责令退还土地、拆除建筑物，并作出相应的行政处罚。
二、林业主管部门的职责与查处
林业主管部门，如县级以上林业局或林业站，是林地保护和管理的主要责任部门。依据《中华人民共和国森林法》及相关实施条例，他们有权对非法占用林地行为进行查处。这包括责令停止违法行为、限期恢复植被，并处以罚款；若构成犯罪，还将依法移交司法机关。因此，在林地被侵占的情况下，向林业主管部门举报或投诉也是一个直接且有效的途径。
三、其他相关部门的职责与协作
公安机关：当林地被侵占行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地数量较大且造成毁坏时，公安机关将负责侦查，并追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
农业农村部门：如果林地被违规用于非农化种植或建设养殖场等农业生产活动，农业农村部门也将介入监管，并责令整改，引导恢复林地功能。
当地政府及检察部门：作为基层政府组织，当地政府可以协调相关部门处理林地侵占问题。而检察部门则对涉及破坏生态环境和资源保护等领域的违法行为有监督职责，可以提起公益诉讼等方式来维护林地权益和公共利益。
四、综合建议与行动步骤
收集证据：在发现林地被侵占后，首先应及时保留并收集相关证据，如照片、视频、权属证明等，以便后续维权使用。
确定举报部门：根据侵占行为的性质和情节，确定最合适的举报部门。如果主要是土地用途改变或违规建设问题，可以向自然资源部门举报；如果涉及非法占用林地行为，则可以向林业主管部门举报。
提交举报材料：在举报时，应准备充分的材料以支持自己的诉求，包括投诉方和被投诉方的基本信息、损害事实发生的时间地点过程、有关证据以及明确具体的诉求等。
跟进处理结果：提交举报材料后，应积极跟进处理结果，并与相关部门保持沟通协作，确保问题得到有效解决。
如果您在林地被侵占问题上遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业且全面的法律建议。