关于竞业协议超过一年后的补偿比例计算问题，这确实是一个涉及法律条款和司法实践的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、补偿比例的基本原则
竞业协议的补偿比例，首先应依据双方在协议中的明确约定。这是最直接且优先适用的原则。如果协议中有明确的补偿计算方式和金额，那么双方应严格按照该约定执行。
二、无约定或约定不明时的处理
协商确定：如果双方在竞业协议中没有明确约定补偿比例，或者约定不明确，那么双方可以首先尝试通过协商来确定一个合理的补偿比例。
法定参考标准：若协商无果，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等相关法律规定，用人单位应按照劳动者离职前十二个月月平均工资的30%来按月支付经济补偿。但需要注意的是，这个比例并不是绝对的，它只是一个参考标准。在实际操作中，如果此标准低于劳动合同履行地的最低工资标准，那么应按照最低工资标准来支付。
司法实践中的灵活性：在司法实践中，不同地区和法院可能会根据具体情况，参照劳动者离职前工资的一定比例（这个比例可能在30%~50%之间浮动）来确定补偿金数额。因此，具体的补偿比例还可能受到当地司法实践的影响。
三、超过一年后的补偿比例
对于竞业协议超过一年后的补偿比例，如果协议中有明确约定，则按照约定执行。如果协议中没有明确约定，且双方无法协商一致，那么可以参照上述法定参考标准和司法实践中的灵活性原则来确定。重要的是要确保补偿比例既合理又合法，既能够保障劳动者的合法权益，又不会给用人单位带来过重的负担。
四、其他注意事项
补偿金的支付方式：补偿金一般应在竞业限制期限内按月支付，以确保劳动者在竞业限制期间的基本生活和经济来源。当然，双方也可以在协议中明确约定其他支付方式，如一次性支付或分期支付等。
竞业协议的期限：竞业协议的期限一般不超过二年，超过部分无效。因此，在签订竞业协议时，双方应确保期限的合法性，并明确约定在协议中。
违约责任：竞业协议中应明确双方的违约责任，包括劳动者违反竞业限制约定时应支付的违约金等。这有助于确保协议的严肃性和可执行性。
综上所述，竞业协议超过一年后的补偿比例应首先依据双方约定，若无约定或约定不明，则参照法定参考标准和司法实践中的灵活性原则来确定。在签订竞业协议时，双方应充分考虑这些因素，并明确约定在协议中，以确保协议的合法性和有效性，同时保障双方的合法权益。