行政案件立案后，行政机关一般应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定，但具体处理时间可能因案件性质、复杂程度以及法律法规的特别规定而有所不同。以下是对这一问题的详细分析：
一、常规处理时间
根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这一期限是法律对行政机关办案效率的基本要求，旨在保障当事人的合法权益，防止案件久拖不决。例如，在常见的交通违章处罚案件中，交警部门在立案后，通常会在较短时间内（一般远少于90日）完成调查、告知当事人权利等程序后作出处罚决定。
二、特殊情况处理
法律法规特别规定：
- 在某些特定领域或针对特定类型的案件，相关法律法规可能会对处理期限作出特别规定。例如，《治安管理处罚法》第九十九条规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。这类特别规定优先于一般规定适用。
复杂案件延期：
- 对于特别复杂的案件，如果确实无法在九十日内作出处理决定，行政机关可以根据相关程序规定申请延期。如《工商行政管理机关行政处罚程序规定》中提到，经工商行政管理机关负责人批准，可以延长三十日。若案情特别复杂，经延期仍不能作出处理决定的，应当由工商行政管理机关有关会议集体讨论决定是否继续延期。但所有延期都需要严格遵循相关法律法规的具体规定，并确保程序的合法性和正当性。
三、影响处理期限的因素
证据收集难度：
- 证据的收集是行政处罚过程中的关键环节。如果证据分散、难以获取，或者需要进行大量的调查走访、数据调取等工作，会耗费较多时间。例如在查处网络传销案件时，由于传销组织往往具有隐蔽性，其活动主要通过网络进行，证据可能分布在不同地区甚至境外，这就增加了证据收集的难度和时间成本。
当事人配合程度：
- 当事人的配合程度也会影响案件办理的进度。如果当事人积极配合调查，如实提供相关信息和材料，有助于行政机关尽快查明事实；反之，如果当事人拒绝配合、逃避调查，可能会导致案件办理时间延长。
行政机关内部流程：
- 不同行政机关的内部工作流程和工作效率也可能存在差异。一些行政机关可能存在审批环节繁琐、人员配备不足等问题，导致案件办理速度较慢。此外，如果遇到法定节假日、不可抗力等因素，也会相应顺延案件办理期限。
四、超期处理的后果
若行政机关未能在规定期限内作出行政处罚决定，可能面临以下后果：
- 程序违法风险：超期办案可能导致行政处罚决定因程序违法而被撤销或确认无效。
- 当事人权益受损：超期办案可能损害当事人的合法权益，如增加当事人的诉讼成本、影响当事人的生产经营等。
- 行政效能降低：超期办案会降低行政机关的行政效能和公信力，影响政府形象。
建议：在实际操作中，行政机关应严格按照相关法律法规和程序规定进行处理，确保案件的及时、公正、合法解决。同时，当事人也应了解并关注相关法律法规的规定，以维护自己的合法权益。如果您在行政案件立案后处罚期限方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。