若在不知情的情况下帮别人运送毒品被法院起诉，是否会有案底取决于最终的判决结果。以下是对此问题的详细分析：

一、不知情情况下的法律责任

1. 主观明知的要求：

   • 在刑事案件中，尤其是毒品犯罪，主观明知是构成犯罪的重要要件。如果确实不知情，即没有意识到所运送的是毒品，那么从法律上讲，可能不构成犯罪。
   • 然而，是否“知情”并非仅凭被告人的口头陈述，而是需要依据客观事实来推断。例如，运送方式、报酬、行为人的认知能力等，都可能成为判断是否知情的依据。

2. 法律条款的适用：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十七条，走私、贩卖、运输、制造毒品，无论数量多少，都应当追究刑事责任，予以刑事处罚。但这一条款的适用前提是行为人明知是毒品而进行运输。
   • 如果行为人确实不知情，且没有证据表明其应当知情，那么根据法律原则，其不应被认定为犯罪，也就不会有案底。

二、判决结果与案底的关系

1. 有罪判决与案底：

   • 如果法院最终判决行为人有罪，那么无论其是否知情，都会留下案底。案底是指个人的刑事犯罪记录，一旦留下，将伴随个人终身，对未来的就业、出国等可能产生影响。

2. 无罪判决与无案底：

   • 如果法院最终判决行为人无罪，或者案件被撤销、不起诉等，那么行为人将不会留下案底。这意味着其刑事记录是清白的，不会对未来产生负面影响。

三、实际案例与证据的重要性

1. 实际案例的参考：

   • 在实际案件中，是否知情往往成为争议的焦点。有些案件中，被告人声称不知情，但法院根据运送方式、报酬等客观事实，推断其应当知情，从而认定其构成犯罪。
   • 因此，每个案件的具体情况都不同，需要依据客观事实和证据来进行判断。

2. 证据的重要性：

   • 在刑事案件中，证据是决定判决结果的关键因素。如果行为人能够提供充分的证据证明其确实不知情，如运送过程中的无知觉、无异常报酬等，那么可能有助于其获得无罪判决。

四、建议与后续行动

1. 积极配合调查：

   • 如果被起诉，建议行为人积极配合司法机关的调查，如实陈述事实，提供相关证据。这有助于司法机关更准确地判断案件事实，从而作出公正的判决。

2. 寻求专业法律帮助：

   • 鉴于刑事案件的复杂性和严重性，建议行为人寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助行为人维护自己的合法权益。

总结来看，若在不知情的情况下帮别人运送毒品被法院起诉，是否会有案底取决于最终的判决结果。如果行为人能够证明其确实不知情，且没有证据表明其应当知情，那么可能获得无罪判决，从而不会留下案底。但无论如何，都建议行为人积极配合调查，并寻求专业法律帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。