若股权转让协议违反公司章程，一般不能直接要求公司履行协助义务，但需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、从公司章程的性质和效力角度
公司章程是公司组织与活动的基本准则，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员均具有约束力。它规定了公司的组织结构、股东权利与义务、股权转让等重要事项。当股权转让协议违反公司章程时，该协议可能因违反公司内部规定而面临效力上的质疑。
若公司章程明确规定了股权转让的程序和条件：
- 股权转让协议若未遵循这些程序和条件，可能被视为无效或可撤销。在此情况下，公司有权拒绝履行协助义务，因为协助履行一个可能无效或可撤销的协议，可能损害公司及其他股东的利益。
若公司章程未明确规定或规定不明确：
- 此时，需要参考《公司法》等相关法律法规来判断股权转让协议的效力。如果协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等情形，那么协议可能仍然有效。但即便如此，公司也可能以“违反公司章程”为由，拒绝直接履行协助义务，此时可能需要通过法律途径解决争议。
二、从法律救济途径角度
当股权转让协议违反公司章程，且公司拒绝履行协助义务时，您可以考虑以下法律救济途径：
协商解决：
- 首先，尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。这可能包括修改股权转让协议以符合公司章程，或者公司以其他方式（如提供补偿）来协助完成股权转让。
诉讼解决：
- 如果协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼，要求确认股权转让协议的效力，并判决公司履行协助义务。在诉讼过程中，法院将根据《公司法》、公司章程以及相关法律法规来审理案件，并作出判决。
仲裁解决：
- 如果股权转让协议中包含了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，那么您也可以选择通过仲裁来解决争议。仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定来作出裁决。
三、从实际操作建议角度
审查公司章程：
- 在签订股权转让协议前，务必仔细审查公司章程，确保协议内容符合公司章程的规定。如果发现协议内容与公司章程存在冲突，应及时修改协议或与公司进行沟通。
咨询专业律师：
- 在处理涉及股权转让和公司章程的复杂法律问题时，建议咨询专业律师。我可以为您提供专业的法律意见和帮助，确保您的权益得到妥善保护。
保留相关证据：
- 在整个过程中，务必保留好与股权转让协议、公司章程以及双方沟通相关的所有证据。这些证据将在后续的法律救济途径中发挥重要作用。
总结来说，当股权转让协议违反公司章程时，不能直接要求公司履行协助义务。但您可以通过协商、诉讼或仲裁等法律救济途径来寻求解决方案。在此过程中，务必审查公司章程、咨询专业律师并保留好相关证据。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。