针对您提出的问题，即欠银行贷款已由法院协商还款，但银行卡用作工资卡还被扣款的情况，以下是我的详细解答：

1. 确认扣款合法性：

   • 首先，您需要确认银行扣款是否基于法院的有效执行裁定。如果银行是根据法院的生效判决或裁定进行扣款，且该裁定明确规定了扣款的方式、金额和时间，那么银行的扣款行为在法律上可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。

2. 核查协商还款内容：

   • 回顾您与银行通过法院协商达成的还款协议，确认协议中是否明确规定了还款方式、还款期限以及是否允许银行从您的工资卡中扣款。
   • 如果协议中明确禁止了此类扣款，或者未提及此类扣款方式，那么银行的扣款行为可能违反了协议约定，您有权提出异议。

3. 采取应对措施：

   • 与银行沟通：首先，您可以尝试与银行进行沟通，说明情况并要求银行停止从您的工资卡中扣款。如果银行同意并停止扣款，那么问题可能得到解决。
   • 向法院提出异议：如果银行拒绝停止扣款，或者您认为银行的扣款行为违反了法院的裁定或您与银行的协议，您可以向执行法院提出书面异议。
     • 异议内容：在异议中，您需要详细说明扣款的情况、扣款金额、扣款时间以及您认为扣款行为违法或违反协议的理由。
     • 法院审查：法院会对您的异议进行审查，并根据审查结果作出裁定。如果法院认定银行的扣款行为违法或违反协议，会裁定停止扣款并可能要求银行返还已扣款项。
   • 申请保留必要生活费用：如果扣款导致您生活困难，您还可以向法院申请保留必要的生活费用。
     • 申请材料：在申请中，您需要提供相关证据证明您的生活困难情况，如收入证明、家庭开支明细等。
     • 法院裁定：法院会根据您的申请和提供的证据，裁定是否保留必要的生活费用以及保留的金额。

4. 预防未来扣款：

   • 为了避免未来再次发生类似情况，您可以考虑更换工资卡或与银行协商其他还款方式。
   • 更换工资卡：如果可能的话，您可以向雇主申请更换工资卡，以避免银行从您的原工资卡中扣款。
   • 协商其他还款方式：与银行协商其他还款方式，如定期转账、现金还款等，以确保还款的顺利进行并避免不必要的扣款。

在处理此类问题时，请务必保留好所有相关证据，如法院的裁定书、您与银行的协议、扣款记录等。这些证据将在您提出异议或申请保留必要生活费用时发挥重要作用。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步的法律建议。